90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4041 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4041  ribonuclease T2  100 
 
 		 230 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.107175 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4187  ribonuclease T2  91.83 
 
 		 231 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4864  ribonuclease T2  81.74 
 
 		 231 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.158338  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1400  ribonuclease T2  74.11 
 
 		 232 aa  344  8e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.338332  normal  0.532138 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3150  ribonuclease T2  74.52 
 
 		 230 aa  340  9e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2529  ribonuclease T2  74.18 
 
 		 229 aa  338  4e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1732  putative ribonuclease T2 family protein  68.67 
 
 		 233 aa  332  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2731  ribonuclease T2  54.87 
 
 		 220 aa  229  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1972  ribonuclease T2  47.24 
 
 		 216 aa  195  4.0000000000000005e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.715312  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0694  ribonuclease T2 family protein  45.16 
 
 		 229 aa  195  6e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0703  ribonuclease T2 family protein  45.16 
 
 		 229 aa  195  6e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2583  ribonuclease T2  47.47 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1593  ribonuclease T2  47.74 
 
 		 301 aa  178  7e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0786  ribonuclease T2  43.39 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123523  normal  0.0777088 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0919  ribonuclease T2  42.67 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.46623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0880  ribonuclease T2  42.22 
 
 		 224 aa  171  5.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.558243  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0855  ribonuclease T2  44.39 
 
 		 223 aa  171  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3807  ribonuclease T2  38.46 
 
 		 219 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290686 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0660  ribonuclease T2  42.27 
 
 		 238 aa  159  4e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.315761 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2259  ribonuclease T2  47.06 
 
 		 206 aa  159  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.291915  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1499  ribonuclease T2  45.5 
 
 		 216 aa  159  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0146445  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0680  ribonuclease T2  45.88 
 
 		 200 aa  151  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.767299  normal  0.958161 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2631  ribonuclease T2  39.62 
 
 		 214 aa  148  7e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3879  ribonuclease T2  38.86 
 
 		 210 aa  144  9e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111737 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2292  ribonuclease T2  36.44 
 
 		 212 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.62004  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0516  ribonuclease T2  41 
 
 		 206 aa  141  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.13199  normal  0.104349 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2266  ribonuclease T2  41.59 
 
 		 224 aa  141  8e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.495581  normal  0.473207 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2370  ribonuclease T2  41.81 
 
 		 206 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.849821 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2192  ribonuclease T2  34.63 
 
 		 213 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.381743  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0254  ribonuclease T2  36.22 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0715  ribonuclease T2  40.68 
 
 		 206 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0042  ribonuclease T2  35.88 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.389135  normal  0.181454 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3184  ribonuclease T2  33.04 
 
 		 261 aa  106  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0727864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4717  ribonuclease T2  33.92 
 
 		 232 aa  97.4  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0786884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1151  ribonuclease T2  34.66 
 
 		 240 aa  95.9  4e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.745478 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0224  ribonuclease T2  32.37 
 
 		 233 aa  82.4  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1293  ribonuclease T2 family protein  28.91 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4174  ribonuclease T2  26.88 
 
 		 389 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0161  ribonuclease T2  26.88 
 
 		 389 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4599  ribonuclease T2 family protein  25.65 
 
 		 384 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4104  ribonuclease T2  26.88 
 
 		 389 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4305  ribonuclease T2  26.88 
 
 		 389 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2133  putative ribonuclease I  38.14 
 
 		 279 aa  67.4  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3777  ribonuclease T2  26.63 
 
 		 388 aa  67  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3984  ribonuclease T2  26.09 
 
 		 385 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3279  ribonuclease T2  25.79 
 
 		 350 aa  63.5  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.127933 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0657  ribonuclease I  25.74 
 
 		 268 aa  63.2  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3857  ribonuclease T2  25.54 
 
 		 385 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3784  ribonuclease T2  26.06 
 
 		 385 aa  62.4  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00568  hypothetical protein  25.59 
 
 		 268 aa  62  0.000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0662  ribonuclease I  25.59 
 
 		 268 aa  62  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0633  ribonuclease I  25.59 
 
 		 268 aa  62  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.988067  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0525  ribonuclease I  25.59 
 
 		 268 aa  62  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00579  ribonuclease I  25.59 
 
 		 268 aa  62  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3014  Enterobacter ribonuclease  25.59 
 
 		 268 aa  62  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00399142  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0630  ribonuclease I  25.24 
 
 		 268 aa  62  0.000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3033  ribonuclease I  25.59 
 
 		 274 aa  62  0.000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0699  ribonuclease I  25.12 
 
 		 268 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0776  ribonuclease I  25.32 
 
 		 268 aa  61.6  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.821609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0841  ribonuclease T2 family protein  26.37 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259651  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2188  ribonuclease T2 family protein  26.37 
 
 		 240 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0730  ribonuclease I  24.89 
 
 		 268 aa  60.8  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.33968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0671  ribonuclease I  24.89 
 
 		 268 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46550  ribonuclease  27.74 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000177193  hitchhiker  0.00000141946 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0932  ribonuclease T2 family protein  26.02 
 
 		 240 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1696  ribonuclease T2  34.17 
 
 		 337 aa  58.5  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.570218 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2911  ribonuclease T2  28.34 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0103832  normal  0.106188 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3476  ribonuclease T2 family protein  27 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.392074  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10740  Ribonuclease T2  26.19 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.411668  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1789  ribonuclease T2 family protein  25.51 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2621  ribonuclease T2  30 
 
 		 246 aa  55.1  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.415394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2045  hypothetical protein  22.39 
 
 		 219 aa  55.1  0.0000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.610993 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1151  ribonuclease I  24.05 
 
 		 269 aa  53.1  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.299247 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4373  ribonuclease T2  25.82 
 
 		 243 aa  52.4  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2881  ribonuclease T2  29.05 
 
 		 246 aa  52.4  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5338  ribonuclease T2  25.89 
 
 		 243 aa  52.4  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0955657 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4948  ribonuclease T2  25.89 
 
 		 243 aa  52.4  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00198544 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0733  ribonuclease T2  25.38 
 
 		 297 aa  52.8  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  0.193962 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3420  ribonuclease T2  25.89 
 
 		 243 aa  52.4  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2760  hypothetical protein  30.51 
 
 		 326 aa  51.6  0.000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1764  hypothetical protein  22.97 
 
 		 208 aa  52  0.000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3667  ribonuclease T2  24.87 
 
 		 243 aa  50.1  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.672058  normal  0.702219 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3450  ribonuclease T2  32.8 
 
 		 356 aa  49.7  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.854152  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_92983  predicted protein  27.03 
 
 		 286 aa  49.3  0.00004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.359164  normal  0.0223874 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04874  Ribonuclease T2-like Precursor (RNase T2-like)(EC 3.1.27.1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B3K6]  26.58 
 
 		 417 aa  49.7  0.00004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.12763 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2475  ribonuclease T2  25.93 
 
 		 240 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.949724  normal  0.332624 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2906  hypothetical protein  29.66 
 
 		 326 aa  48.9  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4890  ribonuclease T2  25 
 
 		 243 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000220768 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2930  Ribonuclease protein  27.5 
 
 		 240 aa  47  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2118  putative ribonuclease protein  30.51 
 
 		 256 aa  46.2  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.336205 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>