75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2259 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2259  ribonuclease T2  100 
 
 		 206 aa  417  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.291915  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0254  ribonuclease T2  63.54 
 
 		 213 aa  240  1e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2631  ribonuclease T2  54.23 
 
 		 214 aa  228  3e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3879  ribonuclease T2  54.68 
 
 		 210 aa  225  3e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111737 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0516  ribonuclease T2  58.79 
 
 		 206 aa  222  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.13199  normal  0.104349 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2370  ribonuclease T2  58.56 
 
 		 206 aa  214  5e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.849821 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0715  ribonuclease T2  58.01 
 
 		 206 aa  211  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2583  ribonuclease T2  47.96 
 
 		 225 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0694  ribonuclease T2 family protein  46.07 
 
 		 229 aa  178  5.999999999999999e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0703  ribonuclease T2 family protein  46.07 
 
 		 229 aa  178  5.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1972  ribonuclease T2  51.67 
 
 		 216 aa  174  9e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.715312  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2731  ribonuclease T2  48.15 
 
 		 220 aa  169  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1732  putative ribonuclease T2 family protein  43.27 
 
 		 233 aa  165  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4041  ribonuclease T2  46.83 
 
 		 230 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.107175 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0786  ribonuclease T2  44.95 
 
 		 252 aa  162  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123523  normal  0.0777088 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2529  ribonuclease T2  46.24 
 
 		 229 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1499  ribonuclease T2  47.22 
 
 		 216 aa  160  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0146445  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0880  ribonuclease T2  45.07 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.558243  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1593  ribonuclease T2  47.09 
 
 		 301 aa  159  3e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0919  ribonuclease T2  44.6 
 
 		 224 aa  158  6e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.46623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4864  ribonuclease T2  42.36 
 
 		 231 aa  157  9e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.158338  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1400  ribonuclease T2  43.01 
 
 		 232 aa  157  9e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.338332  normal  0.532138 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4187  ribonuclease T2  44.09 
 
 		 231 aa  155  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3150  ribonuclease T2  43.55 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0680  ribonuclease T2  47.22 
 
 		 200 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.767299  normal  0.958161 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0855  ribonuclease T2  45.86 
 
 		 223 aa  152  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3807  ribonuclease T2  40.21 
 
 		 219 aa  147  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290686 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2192  ribonuclease T2  39.69 
 
 		 213 aa  145  5e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.381743  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2266  ribonuclease T2  45.65 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.495581  normal  0.473207 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0660  ribonuclease T2  42.33 
 
 		 238 aa  139  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.315761 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2292  ribonuclease T2  35.18 
 
 		 212 aa  139  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.62004  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0224  ribonuclease T2  36.52 
 
 		 233 aa  92.4  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4717  ribonuclease T2  31.58 
 
 		 232 aa  84.7  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0786884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2621  ribonuclease T2  32.04 
 
 		 246 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.415394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3184  ribonuclease T2  29.02 
 
 		 261 aa  72.8  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0727864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2881  ribonuclease T2  28.99 
 
 		 246 aa  68.2  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0042  ribonuclease T2  28.92 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.389135  normal  0.181454 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1151  ribonuclease T2  31.03 
 
 		 240 aa  65.1  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.745478 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1293  ribonuclease T2 family protein  29.7 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46550  ribonuclease  23.74 
 
 		 242 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000177193  hitchhiker  0.00000141946 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1696  ribonuclease T2  27.08 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.570218 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2133  putative ribonuclease I  32.3 
 
 		 279 aa  56.6  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0525  ribonuclease I  27.47 
 
 		 268 aa  54.3  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3476  ribonuclease T2 family protein  25.99 
 
 		 323 aa  54.3  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.392074  normal  0.881072 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3279  ribonuclease T2  24.72 
 
 		 350 aa  54.3  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.127933 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0662  ribonuclease I  27.04 
 
 		 268 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0630  ribonuclease I  27.47 
 
 		 268 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4599  ribonuclease T2 family protein  23.71 
 
 		 384 aa  54.7  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0699  ribonuclease I  27.04 
 
 		 268 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2760  hypothetical protein  24.62 
 
 		 326 aa  53.9  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00568  hypothetical protein  26.72 
 
 		 268 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3033  ribonuclease I  26.72 
 
 		 274 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3014  Enterobacter ribonuclease  26.72 
 
 		 268 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00399142  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0633  ribonuclease I  26.72 
 
 		 268 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.988067  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00579  ribonuclease I  26.72 
 
 		 268 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3777  ribonuclease T2  23.71 
 
 		 388 aa  53.1  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2118  putative ribonuclease protein  27.17 
 
 		 256 aa  52.8  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.336205 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2906  hypothetical protein  25.51 
 
 		 326 aa  51.6  0.000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2930  Ribonuclease protein  31.34 
 
 		 240 aa  51.2  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2911  ribonuclease T2  31.15 
 
 		 252 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0103832  normal  0.106188 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10740  Ribonuclease T2  24.46 
 
 		 331 aa  50.1  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.411668  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4305  ribonuclease T2  23.2 
 
 		 389 aa  48.1  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4104  ribonuclease T2  23.2 
 
 		 389 aa  48.1  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0161  ribonuclease T2  23.2 
 
 		 389 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3857  ribonuclease T2  22.69 
 
 		 385 aa  47  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2045  hypothetical protein  24.86 
 
 		 219 aa  47  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.610993 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4174  ribonuclease T2  22.92 
 
 		 389 aa  47  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3984  ribonuclease T2  24.61 
 
 		 385 aa  46.6  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_92983  predicted protein  23.29 
 
 		 286 aa  46.6  0.0003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.359164  normal  0.0223874 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3784  ribonuclease T2  22.58 
 
 		 385 aa  45.4  0.0007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3450  ribonuclease T2  30.83 
 
 		 356 aa  45.1  0.0009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.854152  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2475  ribonuclease T2  28.32 
 
 		 240 aa  45.1  0.0009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.949724  normal  0.332624 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1764  hypothetical protein  25.3 
 
 		 208 aa  43.5  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0932  ribonuclease T2 family protein  24.71 
 
 		 240 aa  42  0.007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1151  ribonuclease I  23.76 
 
 		 269 aa  41.6  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.299247 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>