More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2438 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2438  uridylate kinase  100 
 
 		 238 aa  474  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.139798  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1696  uridylate kinase  87.34 
 
 		 238 aa  424  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1857  uridylate kinase  87.34 
 
 		 238 aa  421  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.894352  normal  0.0309291 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4515  uridylate kinase  84.03 
 
 		 238 aa  411  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2855  uridylate kinase  82.77 
 
 		 238 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.654259  normal  0.274882 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2826  uridylate kinase  81.51 
 
 		 238 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3266  uridylate kinase  78.15 
 
 		 238 aa  380  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623734  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0585  uridylate kinase  55.6 
 
 		 239 aa  271  6e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.250613  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1780  uridylate kinase  51.27 
 
 		 245 aa  258  8e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2031  uridylate kinase  57.2 
 
 		 240 aa  256  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2524  uridylate kinase  57.26 
 
 		 240 aa  255  4e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831867  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1160  uridylate kinase  57.2 
 
 		 240 aa  254  6e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1133  uridylate kinase  56.84 
 
 		 240 aa  254  7e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1117  uridylate kinase  57.2 
 
 		 323 aa  254  9e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.752194  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1744  uridylate kinase  53.81 
 
 		 238 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3447  uridylate kinase  54.08 
 
 		 246 aa  252  3e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.67051  normal  0.345639 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2029  uridylate kinase  54.98 
 
 		 237 aa  251  7e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4437  uridylate kinase  62.07 
 
 		 257 aa  251  8.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000770833 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1437  uridylate kinase  54.51 
 
 		 258 aa  251  8.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.439884  hitchhiker  0.000435544 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2491  uridylate kinase  54.98 
 
 		 237 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1553  uridylate kinase  54.98 
 
 		 237 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2581  uridylate kinase  54.98 
 
 		 237 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1991  uridylate kinase  52.99 
 
 		 240 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1684  uridylate kinase  55.41 
 
 		 237 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.193496 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3257  uridylate kinase  54.98 
 
 		 237 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1326  uridylate kinase  54.98 
 
 		 237 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.280205  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2435  uridylate kinase  54.98 
 
 		 237 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0771842  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2054  uridylate kinase  54.98 
 
 		 286 aa  250  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2453  uridylate kinase  55.41 
 
 		 237 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.176053  hitchhiker  0.00168891 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1252  uridylate kinase  52.1 
 
 		 239 aa  250  1e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000157297  hitchhiker  0.0010531 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0659  uridylate kinase  52.54 
 
 		 238 aa  250  1e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1336  uridylate kinase  54.98 
 
 		 237 aa  250  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.399857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3831  uridylate kinase  57.76 
 
 		 252 aa  249  2e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0476125 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1259  uridylate kinase  54.55 
 
 		 237 aa  249  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.370411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2037  uridylate kinase  54.55 
 
 		 237 aa  249  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.865842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6060  uridylate kinase  54.55 
 
 		 237 aa  249  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1825  uridylate kinase  52.36 
 
 		 240 aa  249  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.537862  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2017  uridylate kinase  54.55 
 
 		 237 aa  249  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4946  uridylate kinase  51.93 
 
 		 240 aa  249  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.723957 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2583  uridylate kinase  52.12 
 
 		 240 aa  249  3e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.284597  normal  0.0617202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1225  uridylate kinase  52.12 
 
 		 240 aa  249  3e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0229654  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1919  uridylate kinase  54.98 
 
 		 237 aa  249  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.302064 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2050  uridylate kinase  54.98 
 
 		 237 aa  249  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1879  uridylate kinase  54.08 
 
 		 236 aa  248  4e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.422558  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1440  uridylate kinase  52.36 
 
 		 240 aa  248  5e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5327  uridylate kinase  54.11 
 
 		 237 aa  248  5e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0388616  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1383  uridylate kinase  57.51 
 
 		 247 aa  248  5e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.862612  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2710  uridylate kinase  51.26 
 
 		 239 aa  248  6e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0334145  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1344  uridylate kinase  54.08 
 
 		 236 aa  248  7e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0291388  normal  0.514352 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1406  uridylate kinase  53.65 
 
 		 236 aa  248  7e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1280  uridylate kinase  54.08 
 
 		 236 aa  248  7e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.23079 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2349  uridylate kinase  53.45 
 
 		 240 aa  246  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.594703 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2848  uridylate kinase  52.79 
 
 		 236 aa  246  2e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.892922 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2075  uridylate kinase  53.45 
 
 		 240 aa  246  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.260978  normal  0.433019 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2705  uridylate kinase  51.5 
 
 		 246 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.836917  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1362  uridylate kinase  51.5 
 
 		 246 aa  246  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00482599 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1977  uridylate kinase  52.36 
 
 		 236 aa  246  3e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969376 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2693  uridylate kinase  52.36 
 
 		 236 aa  245  4e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2153  uridylate kinase  51.5 
 
 		 246 aa  245  4e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1585  uridylate kinase  55.32 
 
 		 240 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2601  uridylate kinase  52.79 
 
 		 240 aa  244  8e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1588  uridylate kinase  50.22 
 
 		 250 aa  244  8e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10521  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1919  uridylate kinase  51.68 
 
 		 239 aa  244  9e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0301  uridylate kinase  58.19 
 
 		 252 aa  244  9e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.06889 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1538  uridylate kinase  52.59 
 
 		 240 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1760  uridylate kinase  51.93 
 
 		 236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0656922 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1528  uridylate kinase  51.69 
 
 		 238 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000286053  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1778  uridylate kinase  54.89 
 
 		 240 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3194  uridylate kinase  50.64 
 
 		 241 aa  243  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1464  uridylate kinase  51.5 
 
 		 246 aa  243  1.9999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.360774  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2803  uridylate kinase  50.64 
 
 		 245 aa  243  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00682301  normal  0.644518 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0631  uridylate kinase  51.72 
 
 		 240 aa  243  3e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.026116 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1452  uridylate kinase  51.5 
 
 		 246 aa  242  3.9999999999999997e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.314507  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1861  uridylate kinase  50.42 
 
 		 242 aa  241  6e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.57108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2035  uridylate kinase  53.02 
 
 		 240 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0943376 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0577  uridylate kinase  49.35 
 
 		 235 aa  241  9e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1382  uridylate kinase  49.36 
 
 		 263 aa  240  1e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.1666  normal  0.0472283 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2046  uridylate kinase  50.84 
 
 		 239 aa  240  1e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.198854  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1371  uridylate kinase  49.79 
 
 		 244 aa  239  2e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.184523  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3731  uridylate kinase  49.16 
 
 		 239 aa  239  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000303912  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01129  uridylate kinase  50 
 
 		 240 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.162741  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1263  uridylate kinase  49.58 
 
 		 242 aa  238  5e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.456307 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1487  uridylate kinase  50.42 
 
 		 240 aa  238  5.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0028883 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2754  uridylate kinase  50.42 
 
 		 240 aa  238  6.999999999999999e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1446  uridylate kinase  49.58 
 
 		 241 aa  237  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0296877  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0509  uridylate kinase  51.07 
 
 		 236 aa  237  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.00424433  normal  0.390175 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1162  uridylate kinase  49.58 
 
 		 241 aa  237  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.899352 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0462  uridylate kinase  49.58 
 
 		 237 aa  236  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.531009  normal  0.987937 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1449  uridylate kinase  51.5 
 
 		 236 aa  236  2e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0115  uridylate kinase  48.05 
 
 		 235 aa  235  4e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3993  uridylate kinase  48.5 
 
 		 244 aa  235  4e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.927712  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0884  uridylate kinase  47.23 
 
 		 237 aa  233  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0810  uridylate kinase  50 
 
 		 243 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.128283  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1919  uridylate kinase  50.42 
 
 		 241 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.6242299999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2460  uridylate kinase  49.78 
 
 		 249 aa  234  1.0000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.930006  hitchhiker  0.000425697 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1274  uridylate kinase  48.93 
 
 		 240 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000592855  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1493  uridylate kinase  49.35 
 
 		 243 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.452684  normal  0.743387 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3707  uridylate kinase  50 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0190689  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0078  uridylate kinase  48.05 
 
 		 236 aa  232  4.0000000000000004e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000395488  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0332  uridylate kinase  47.88 
 
 		 243 aa  232  5e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>