More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2855 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2855  uridylate kinase  100 
 
 		 238 aa  473  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.654259  normal  0.274882 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2826  uridylate kinase  93.28 
 
 		 238 aa  441  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.523463 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3266  uridylate kinase  88.24 
 
 		 238 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623734  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2438  uridylate kinase  82.77 
 
 		 238 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.139798  normal  0.174872 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1696  uridylate kinase  80.59 
 
 		 238 aa  390  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1857  uridylate kinase  80.59 
 
 		 238 aa  386  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.894352  normal  0.0309291 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4515  uridylate kinase  78.57 
 
 		 238 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0585  uridylate kinase  54.31 
 
 		 239 aa  261  6.999999999999999e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.250613  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3447  uridylate kinase  55.36 
 
 		 246 aa  254  7e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.67051  normal  0.345639 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2075  uridylate kinase  55.17 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.260978  normal  0.433019 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4437  uridylate kinase  62.07 
 
 		 257 aa  251  5.000000000000001e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000770833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2349  uridylate kinase  55.17 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.594703 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2031  uridylate kinase  55.93 
 
 		 240 aa  251  6e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1160  uridylate kinase  55.93 
 
 		 240 aa  249  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3194  uridylate kinase  53.19 
 
 		 241 aa  249  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1117  uridylate kinase  55.93 
 
 		 323 aa  249  3e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.752194  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1780  uridylate kinase  49.58 
 
 		 245 aa  249  3e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1538  uridylate kinase  55.17 
 
 		 240 aa  249  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2035  uridylate kinase  55.6 
 
 		 240 aa  248  4e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0943376 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0631  uridylate kinase  54.31 
 
 		 240 aa  247  9e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.026116 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3831  uridylate kinase  57.76 
 
 		 252 aa  247  1e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0476125 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1133  uridylate kinase  55.56 
 
 		 240 aa  247  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0301  uridylate kinase  59.48 
 
 		 252 aa  245  4e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.06889 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2524  uridylate kinase  55.13 
 
 		 240 aa  244  6.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831867  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1744  uridylate kinase  51.69 
 
 		 238 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2848  uridylate kinase  52.36 
 
 		 236 aa  243  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.892922 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1991  uridylate kinase  51.28 
 
 		 240 aa  242  3e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1919  uridylate kinase  52.81 
 
 		 237 aa  242  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.302064 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2050  uridylate kinase  52.81 
 
 		 237 aa  242  3e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1977  uridylate kinase  52.36 
 
 		 236 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0969376 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5327  uridylate kinase  52.81 
 
 		 237 aa  241  5e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0388616  normal  0.289961 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1588  uridylate kinase  50.22 
 
 		 250 aa  242  5e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10521  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2029  uridylate kinase  52.38 
 
 		 237 aa  241  5e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2491  uridylate kinase  52.38 
 
 		 237 aa  241  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3257  uridylate kinase  52.38 
 
 		 237 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1553  uridylate kinase  52.38 
 
 		 237 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2581  uridylate kinase  52.38 
 
 		 237 aa  241  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2435  uridylate kinase  52.38 
 
 		 237 aa  241  7e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0771842  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4946  uridylate kinase  51.07 
 
 		 240 aa  241  7e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.723957 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1326  uridylate kinase  52.38 
 
 		 237 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.280205  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2054  uridylate kinase  52.38 
 
 		 286 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1684  uridylate kinase  52.81 
 
 		 237 aa  241  9e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.193496 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2037  uridylate kinase  52.38 
 
 		 237 aa  240  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.865842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1336  uridylate kinase  52.38 
 
 		 237 aa  240  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.399857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1879  uridylate kinase  52.79 
 
 		 236 aa  240  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.422558  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1344  uridylate kinase  52.79 
 
 		 236 aa  240  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0291388  normal  0.514352 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1280  uridylate kinase  52.79 
 
 		 236 aa  240  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.23079 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2693  uridylate kinase  51.93 
 
 		 236 aa  240  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.506156  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6060  uridylate kinase  52.38 
 
 		 237 aa  240  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1259  uridylate kinase  52.38 
 
 		 237 aa  240  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.370411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2453  uridylate kinase  52.81 
 
 		 237 aa  240  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.176053  hitchhiker  0.00168891 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2017  uridylate kinase  52.38 
 
 		 237 aa  240  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2601  uridylate kinase  52.79 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1440  uridylate kinase  51.5 
 
 		 240 aa  239  2.9999999999999997e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2803  uridylate kinase  51.49 
 
 		 245 aa  239  2.9999999999999997e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00682301  normal  0.644518 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1825  uridylate kinase  51.5 
 
 		 240 aa  239  4e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.537862  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1437  uridylate kinase  51.93 
 
 		 258 aa  238  5e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.439884  hitchhiker  0.000435544 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0577  uridylate kinase  50.65 
 
 		 235 aa  238  5e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1406  uridylate kinase  51.93 
 
 		 236 aa  238  6.999999999999999e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2583  uridylate kinase  50.85 
 
 		 240 aa  238  8e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.284597  normal  0.0617202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1225  uridylate kinase  50.85 
 
 		 240 aa  238  8e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0229654  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2710  uridylate kinase  50.21 
 
 		 239 aa  237  1e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0334145  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1252  uridylate kinase  50.42 
 
 		 239 aa  236  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000157297  hitchhiker  0.0010531 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1760  uridylate kinase  51.5 
 
 		 236 aa  236  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0656922 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1449  uridylate kinase  51.93 
 
 		 236 aa  236  3e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1383  uridylate kinase  53.65 
 
 		 247 aa  235  4e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.862612  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01129  uridylate kinase  49.16 
 
 		 240 aa  234  6e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.162741  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1585  uridylate kinase  53.19 
 
 		 240 aa  235  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1778  uridylate kinase  53.19 
 
 		 240 aa  234  7e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0659  uridylate kinase  50.42 
 
 		 238 aa  234  9e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1528  uridylate kinase  51.27 
 
 		 238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000286053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0509  uridylate kinase  51.07 
 
 		 236 aa  233  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  0.00424433  normal  0.390175 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1919  uridylate kinase  50.42 
 
 		 239 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1263  uridylate kinase  48.74 
 
 		 242 aa  233  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.456307 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1464  uridylate kinase  50.21 
 
 		 246 aa  233  2.0000000000000002e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.360774  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1382  uridylate kinase  49.36 
 
 		 263 aa  233  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.1666  normal  0.0472283 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0462  uridylate kinase  50 
 
 		 237 aa  233  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.531009  normal  0.987937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00169  uridylate kinase  48.72 
 
 		 241 aa  231  6e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0505974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3432  uridylate kinase  48.72 
 
 		 241 aa  231  6e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0174185  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3489  uridylate kinase  48.72 
 
 		 241 aa  231  6e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.257153  normal  0.522631 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0164  uridylate kinase  48.72 
 
 		 241 aa  231  6e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0156878  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0181  uridylate kinase  48.72 
 
 		 241 aa  231  6e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000366692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0175  uridylate kinase  48.72 
 
 		 241 aa  231  6e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000281467  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0182  uridylate kinase  48.72 
 
 		 241 aa  231  6e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0585328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1371  uridylate kinase  50.21 
 
 		 244 aa  231  6e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.184523  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0173  uridylate kinase  48.72 
 
 		 241 aa  231  6e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.120351  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1861  uridylate kinase  50 
 
 		 242 aa  231  6e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.57108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0332  uridylate kinase  47.03 
 
 		 243 aa  231  9e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1958  uridylate kinase  47.88 
 
 		 241 aa  230  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0368  uridylate kinase  47.03 
 
 		 243 aa  230  1e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0256  uridylate kinase  48.29 
 
 		 241 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.923917 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0243  uridylate kinase  48.29 
 
 		 241 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1015  uridylate kinase  48.51 
 
 		 241 aa  230  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000066823  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1452  uridylate kinase  48.93 
 
 		 246 aa  230  2e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.314507  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0240  uridylate kinase  48.29 
 
 		 241 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.432338 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1068  uridylate kinase  48.51 
 
 		 241 aa  230  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0422743  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0240  uridylate kinase  48.29 
 
 		 241 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.351644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0371  uridylate kinase  51.53 
 
 		 246 aa  230  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0645095  normal  0.460164 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0258  uridylate kinase  48.29 
 
 		 241 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00100769  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3433  uridylate kinase  48.09 
 
 		 241 aa  229  2e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00014808  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>