252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1627 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1627  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  100 
 
 
233 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.717402  normal  0.630054 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0355  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  23.16 
 
 
265 aa  72.4  0.000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101767  normal  0.187894 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0176  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.36 
 
 
282 aa  72  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0030917  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0454  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.92 
 
 
263 aa  68.2  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1630  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.82 
 
 
268 aa  67.8  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.822479  normal  0.0323586 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0733  4Fe-4S cluster binding  28.43 
 
 
415 aa  63.2  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2991  iron-sulfur cluster binding protein  31.41 
 
 
398 aa  60.5  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0787505 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2204  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.14 
 
 
233 aa  59.7  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000614225  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2669  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.65 
 
 
450 aa  58.2  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.848409  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10760  iron-sulfur cluster binding protein, putative  38.67 
 
 
367 aa  57.8  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00274595  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2625  iron-sulfur cluster-binding protein  31.41 
 
 
385 aa  57.8  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.913512 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3571  iron-sulfur cluster binding protein  27.44 
 
 
400 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3194  putative iron-sulfur cluster binding protein  32.88 
 
 
407 aa  57.4  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0669  putative iron-sulfur cluster binding protein  27.44 
 
 
395 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0913  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.14 
 
 
445 aa  57.4  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2004  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.36 
 
 
450 aa  56.6  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4789  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.91 
 
 
343 aa  57  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.418818  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0166  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  24.34 
 
 
226 aa  57  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3762  putative iron-sulfur cluster binding protein  27.44 
 
 
400 aa  56.6  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1629  iron-sulfur cluster binding protein  32.65 
 
 
312 aa  55.8  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.103841  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1298  hypothetical protein  31.53 
 
 
380 aa  55.5  0.0000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000112138  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2775  putative iron-sulfur cluster binding protein  28.21 
 
 
362 aa  55.5  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.886764  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4635  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.75 
 
 
344 aa  55.5  0.0000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.183836  normal  0.857379 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4256  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  29.75 
 
 
344 aa  55.5  0.0000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2997  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.93 
 
 
442 aa  55.5  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0681902 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4342  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.75 
 
 
344 aa  55.5  0.0000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.298178  normal  0.153807 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1392  iron-sulfur cluster-binding protein, putative  27.73 
 
 
376 aa  54.3  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1910  putative iron-sulfur cluster binding protein  28.45 
 
 
375 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.263925  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1271  4Fe-4S cluster binding  31.33 
 
 
374 aa  54.7  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1944  putative iron-sulfur cluster binding protein  28.45 
 
 
375 aa  54.7  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.331429  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2979  putative iron-sulfur cluster binding protein  33.59 
 
 
387 aa  54.3  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07480  iron-sulfur cluster binding protein  31.15 
 
 
354 aa  54.3  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2396  domain of unknown function DUF1730  31.58 
 
 
364 aa  53.9  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000413882  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3639  putative iron-sulfur cluster binding protein  26.98 
 
 
400 aa  54.3  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.894476  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3526  putative iron-sulfur cluster binding protein  38.1 
 
 
398 aa  53.5  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002253  iron-sulfur cluster-binding protein  33.61 
 
 
375 aa  53.5  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000253209  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0745  putative iron-sulfur cluster binding protein  29.73 
 
 
393 aa  53.1  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0556677 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4182  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  40.91 
 
 
360 aa  53.1  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327368  normal  0.429609 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0771  putative iron-sulfur cluster binding protein  31.17 
 
 
391 aa  53.1  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.885868  normal  0.0280629 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1890  iron-sulfur cluster binding protein  40.98 
 
 
312 aa  52.8  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3394  uncharacterized Fe-S protein  27.83 
 
 
229 aa  52.4  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.145168  normal  0.150282 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0486  iron-sulfur cluster binding protein  40 
 
 
379 aa  52.8  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000360257  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00099  iron-sulfur cluster-binding protein  31.97 
 
 
375 aa  52.8  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5422  domain of unknown function DUF1730  30.09 
 
 
389 aa  52.8  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.98716  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1058  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  25.86 
 
 
231 aa  52.4  0.000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3534  hypothetical protein  30.09 
 
 
387 aa  52.4  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0434  iron-sulfur cluster-binding protein  28.81 
 
 
314 aa  52  0.000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1785  iron-sulfur cluster binding protein  31.21 
 
 
366 aa  52  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.280211  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5125  iron-sulfur cluster binding protein  32.74 
 
 
351 aa  51.6  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0783629  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0782  putative iron-sulfur cluster binding protein  30.4 
 
 
400 aa  51.6  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00189399  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0830  putative iron-sulfur cluster binding protein  38.1 
 
 
428 aa  52  0.000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0546  putative iron-sulfur cluster-binding protein  28.57 
 
 
380 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.9308099999999996e-42 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0621  putative iron-sulfur cluster-binding protein  28.57 
 
 
380 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0600  iron-sulfur cluster-binding protein, putative  28.57 
 
 
380 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0245724  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0468  putative iron-sulfur cluster binding protein  27.73 
 
 
380 aa  51.2  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.385519  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0514  iron-sulfur cluster-binding protein  28.57 
 
 
380 aa  51.6  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0457  hypothetical protein  28.57 
 
 
380 aa  51.6  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00117546  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0453  hypothetical protein  28.57 
 
 
380 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1081  4Fe-4S cluster binding  37.33 
 
 
404 aa  51.6  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0545  iron-sulfur cluster-binding protein  28.57 
 
 
380 aa  51.6  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00111549  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1379  4Fe-4S cluster binding  35.42 
 
 
355 aa  51.6  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2753  iron-sulfur cluster-binding protein  31.15 
 
 
369 aa  51.6  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000006724  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1404  iron-sulfur cluster-binding protein  37.14 
 
 
308 aa  51.2  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3925  iron-sulfur cluster binding protein  32.67 
 
 
379 aa  50.4  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00310532  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0517  4Fe-4S cluster binding  28.04 
 
 
359 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.246101  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2064  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.69 
 
 
229 aa  51.2  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0106474  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2782  putative ferredoxin, 4Fe-4S binding protein  29.13 
 
 
372 aa  50.4  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3805  iron-sulfur cluster binding protein  32.08 
 
 
379 aa  50.8  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000182984  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0705  iron-sulfur cluster-binding protein  32.08 
 
 
411 aa  50.8  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00169799  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1327  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.17 
 
 
227 aa  50.8  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.138808  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3660  iron-sulfur cluster-binding protein  32.08 
 
 
411 aa  50.8  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000246681  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2813  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.78 
 
 
450 aa  50.1  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0357883  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0440  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  32.74 
 
 
388 aa  50.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3193  putative iron-sulfur cluster binding protein  36.54 
 
 
393 aa  50.1  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.190045  hitchhiker  0.0000321766 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3244  putative iron-sulfur cluster binding protein  35.71 
 
 
386 aa  50.4  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4756  putative iron-sulfur cluster-binding protein  27.73 
 
 
380 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0149452  hitchhiker  2.27135e-16 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1809  hypothetical protein  29.73 
 
 
385 aa  50.1  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405326  normal  0.188281 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0517  iron-sulfur cluster-binding protein, putative  30.61 
 
 
374 aa  49.7  0.00004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0582  putative iron-sulfur cluster-binding protein  27.73 
 
 
380 aa  49.7  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3176  hypothetical protein  32.46 
 
 
380 aa  49.7  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0425  putative iron-sulfur cluster binding protein  37.33 
 
 
379 aa  49.7  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000030316  hitchhiker  0.000000852685 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0460  putative iron-sulfur cluster binding protein  26.89 
 
 
380 aa  49.7  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3861  iron-sulfur cluster-binding protein  29.05 
 
 
393 aa  49.3  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4944  hypothetical protein  31.3 
 
 
374 aa  49.3  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.633294 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1520  4Fe-4S ferredoxin protein  41.79 
 
 
438 aa  49.3  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0107493  normal  0.24299 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0529  iron-sulfur cluster binding protein  37.33 
 
 
379 aa  49.3  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.465139  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3728  iron-sulfur cluster binding protein  32.67 
 
 
379 aa  49.3  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.560083  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0526  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.95 
 
 
260 aa  48.9  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.521957 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0503  iron-sulfur cluster binding protein  31.4 
 
 
389 aa  48.9  0.00006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2541  putative iron-sulfur 4Fe-4S ferredoxin protein  33.33 
 
 
360 aa  49.3  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4634  putative iron-sulfur cluster binding protein  38.67 
 
 
384 aa  49.3  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000341327  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0693  reductive dehalogenase  26.02 
 
 
352 aa  48.9  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4774  putative iron-sulfur cluster binding protein  38.67 
 
 
384 aa  48.9  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0366705  normal  0.043554 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2044  hypothetical protein  24.79 
 
 
330 aa  48.9  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.281563  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4717  putative iron-sulfur cluster binding protein  38.67 
 
 
384 aa  48.9  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000105537  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4624  putative iron-sulfur cluster binding protein  38.67 
 
 
384 aa  49.3  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000999766  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4753  putative iron-sulfur cluster binding protein  38.67 
 
 
384 aa  49.3  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00412785  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0566  4Fe-4S cluster binding  25.88 
 
 
362 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4033  iron-sulfur cluster binding protein  28.57 
 
 
306 aa  48.9  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.941411 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1368  iron-sulfur cluster binding protein  28.21 
 
 
380 aa  48.9  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>