33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1806 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1806  sigma-70 region 4 type 2  100 
 
 		 171 aa  343  5e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271985  normal  0.210704 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3668  sigma-70 region 4 type 2  81.87 
 
 		 171 aa  286  7e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155217  decreased coverage  0.0000000000111348 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4070  hypothetical protein  81.29 
 
 		 171 aa  286  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000107552  unclonable  0.000000729861 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1770  sigma-70, region 4 type 2  80.7 
 
 		 171 aa  286  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000010187  decreased coverage  0.000356694 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3157  hypothetical protein  48.03 
 
 		 210 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.0000000422864  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3023  hypothetical protein  46.75 
 
 		 183 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00173417  normal  0.0410833 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  45 
 
 		 350 aa  54.3  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  44.44 
 
 		 166 aa  51.2  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  34.15 
 
 		 327 aa  50.4  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  42.59 
 
 		 166 aa  49.3  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  40.62 
 
 		 316 aa  47.4  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  36.92 
 
 		 329 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  38.1 
 
 		 339 aa  45.1  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1133  anti-FecI sigma factor, FecR  40.35 
 
 		 322 aa  44.3  0.0008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  47.73 
 
 		 168 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5328  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.12 
 
 		 180 aa  43.5  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000188963  normal  0.140154 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.11 
 
 		 174 aa  43.9  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.73 
 
 		 168 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.71 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.78 
 
 		 165 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 		 194 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 		 191 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  35.38 
 
 		 188 aa  42  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5658  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 		 190 aa  41.6  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2218  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  43.86 
 
 		 326 aa  41.6  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.108208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4780  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.19 
 
 		 194 aa  41.6  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  43.18 
 
 		 179 aa  41.6  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1170  anti-FecI sigma factor, FecR  40.98 
 
 		 356 aa  41.2  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.82 
 
 		 174 aa  41.2  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  43.14 
 
 		 315 aa  40.8  0.009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  40.35 
 
 		 171 aa  40.8  0.009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  33.85 
 
 		 196 aa  40.8  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  38.78 
 
 		 195 aa  40.8  0.01  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>