58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3157 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3157  hypothetical protein  100 
 
 
210 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.0000000422864  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3023  hypothetical protein  82.51 
 
 
183 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00173417  normal  0.0410833 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1806  sigma-70 region 4 type 2  48.03 
 
 
171 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271985  normal  0.210704 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1770  sigma-70, region 4 type 2  44.52 
 
 
171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000010187  decreased coverage  0.000356694 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4070  hypothetical protein  45.21 
 
 
171 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000107552  unclonable  0.000000729861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3668  sigma-70 region 4 type 2  48 
 
 
171 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155217  decreased coverage  0.0000000000111348 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  45 
 
 
350 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  41.18 
 
 
327 aa  57  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  41.33 
 
 
329 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.56 
 
 
169 aa  52.4  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1151  RNA polymerase sigma factor  40.28 
 
 
173 aa  50.4  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  37.5 
 
 
316 aa  49.7  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  41.38 
 
 
377 aa  48.9  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  46 
 
 
169 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  54.55 
 
 
166 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  41.07 
 
 
321 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  50 
 
 
166 aa  46.2  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  46.03 
 
 
172 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  39.06 
 
 
191 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  53.66 
 
 
188 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.06 
 
 
194 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 
171 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
165 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  50 
 
 
191 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7229  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.82 
 
 
171 aa  45.1  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  34.67 
 
 
173 aa  44.3  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2633  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  50 
 
 
173 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  34.67 
 
 
173 aa  44.3  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.67 
 
 
173 aa  44.3  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  34.67 
 
 
173 aa  44.3  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1051  sigma-24 (FecI)  42 
 
 
178 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  34.67 
 
 
173 aa  44.3  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  36.49 
 
 
172 aa  44.3  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  40.58 
 
 
179 aa  44.3  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  44.07 
 
 
195 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  44.44 
 
 
172 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.82 
 
 
171 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22650  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  38.67 
 
 
174 aa  43.9  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.308383  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  44.44 
 
 
172 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  44.83 
 
 
335 aa  43.5  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.02 
 
 
171 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3437  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.18 
 
 
172 aa  42.7  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0331646  hitchhiker  0.00375659 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  34.21 
 
 
171 aa  43.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  41.51 
 
 
172 aa  43.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  42.37 
 
 
181 aa  42.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  37.14 
 
 
169 aa  42.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  44.64 
 
 
194 aa  42.7  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
223 aa  42.7  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.21 
 
 
171 aa  42.4  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.37 
 
 
171 aa  42  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  39.62 
 
 
172 aa  42.4  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.94 
 
 
167 aa  42  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  35.53 
 
 
327 aa  41.6  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  36.49 
 
 
168 aa  41.6  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2218  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  42.55 
 
 
326 aa  41.6  0.008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.108208  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.49 
 
 
168 aa  41.6  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  40 
 
 
307 aa  41.6  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  41.27 
 
 
172 aa  41.6  0.01  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>