51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3023 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3023  hypothetical protein  100 
 
 		 183 aa  368  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00173417  normal  0.0410833 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3157  hypothetical protein  82.51 
 
 		 210 aa  302  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.0000000422864  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1806  sigma-70 region 4 type 2  46.75 
 
 		 171 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271985  normal  0.210704 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1770  sigma-70, region 4 type 2  42.76 
 
 		 171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000010187  decreased coverage  0.000356694 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4070  hypothetical protein  42.76 
 
 		 171 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000107552  unclonable  0.000000729861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3668  sigma-70 region 4 type 2  42.67 
 
 		 171 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155217  decreased coverage  0.0000000000111348 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  45 
 
 		 350 aa  60.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  43.33 
 
 		 327 aa  57  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  45 
 
 		 329 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  37.66 
 
 		 316 aa  50.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40 
 
 		 169 aa  50.4  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  44.23 
 
 		 377 aa  49.7  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  41.51 
 
 		 321 aa  47.8  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  43.06 
 
 		 191 aa  47.8  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.06 
 
 		 194 aa  47.8  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  39.08 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  48.39 
 
 		 188 aa  47  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  39.29 
 
 		 195 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.07 
 
 		 191 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.32 
 
 		 227 aa  46.2  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.354079 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  35 
 
 		 172 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  40.38 
 
 		 327 aa  47  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  44.07 
 
 		 165 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  38.16 
 
 		 172 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1133  anti-FecI sigma factor, FecR  35.94 
 
 		 322 aa  45.1  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1151  RNA polymerase sigma factor  35.62 
 
 		 173 aa  44.7  0.0008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1206  RNA polymerase sigma factor  38.89 
 
 		 169 aa  44.7  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  50 
 
 		 166 aa  44.7  0.0009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1051  sigma-24 (FecI)  40 
 
 		 178 aa  44.3  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  36.62 
 
 		 168 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42 
 
 		 169 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.62 
 
 		 168 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  41.54 
 
 		 307 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  38.03 
 
 		 196 aa  43.5  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  45.45 
 
 		 166 aa  43.1  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.93 
 
 		 167 aa  42.4  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.41453  normal  0.0460186 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2633  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.37 
 
 		 173 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2218  Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  41.18 
 
 		 326 aa  42.7  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.108208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1150  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.78 
 
 		 223 aa  42.4  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.188745  normal  0.196172 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  43.1 
 
 		 335 aa  42  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  42.37 
 
 		 194 aa  42  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  35.38 
 
 		 179 aa  42  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3437  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.76 
 
 		 172 aa  42  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0331646  hitchhiker  0.00375659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.9 
 
 		 171 aa  42  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.27 
 
 		 173 aa  41.6  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  34.78 
 
 		 172 aa  42  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  34.78 
 
 		 172 aa  42  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1383  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 		 169 aa  41.6  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00102713  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4508  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.73 
 
 		 173 aa  41.6  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  45 
 
 		 172 aa  41.2  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1169  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.03 
 
 		 187 aa  40.8  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>