27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3668 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3668  sigma-70 region 4 type 2  100 
 
 		 171 aa  342  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155217  decreased coverage  0.0000000000111348 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1770  sigma-70, region 4 type 2  92.4 
 
 		 171 aa  320  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000010187  decreased coverage  0.000356694 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4070  hypothetical protein  92.98 
 
 		 171 aa  318  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000107552  unclonable  0.000000729861 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1806  sigma-70 region 4 type 2  81.87 
 
 		 171 aa  286  7e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.271985  normal  0.210704 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3157  hypothetical protein  48 
 
 		 210 aa  107  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.0000000422864  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3023  hypothetical protein  42.67 
 
 		 183 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00173417  normal  0.0410833 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  38.1 
 
 		 350 aa  54.3  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  41.27 
 
 		 166 aa  52  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  39.39 
 
 		 166 aa  51.2  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  33.67 
 
 		 327 aa  50.4  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  39.44 
 
 		 316 aa  47.8  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5658  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.29 
 
 		 190 aa  43.9  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1133  anti-FecI sigma factor, FecR  38.6 
 
 		 322 aa  42.7  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2779  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  47.73 
 
 		 168 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.310958  normal  0.121216 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38 
 
 		 165 aa  42.7  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3086  RNA polymerase sigma-70 factor, putative  47.73 
 
 		 168 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2623  anti-FecI sigma factor, FecR  35.38 
 
 		 329 aa  42  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.539768  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4826  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.17 
 
 		 205 aa  42  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.123307  hitchhiker  0.0000000281561 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  38 
 
 		 188 aa  41.6  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 		 191 aa  41.2  0.006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 		 191 aa  41.6  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7229  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.04 
 
 		 171 aa  41.2  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 		 194 aa  41.2  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.67 
 
 		 113 aa  41.2  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.624799  hitchhiker  0.00000210836 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  42.22 
 
 		 179 aa  40.8  0.008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4122  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.39 
 
 		 203 aa  40.8  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.911085  normal  0.605829 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3562  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  32 
 
 		 175 aa  40.8  0.01  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>