More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4001 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4495  amino acid ABC transporter permease  96.15 
 
 		 472 aa  902    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.179569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4651  aromatic amino acid transport protein AroP2  80.84 
 
 		 472 aa  752    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2159  aromatic amino acid transport protein AroP1  76.5 
 
 		 469 aa  673    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1817  aromatic amino acid permease  83.33 
 
 		 469 aa  789    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3580  amino acid permease-associated region  83.33 
 
 		 469 aa  790    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.90045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1417  amino acid permease-associated region  96.15 
 
 		 472 aa  902    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3784  amino acid permease-associated region  90.81 
 
 		 473 aa  859    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000046446 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1493  amino acid permease-associated region  82.83 
 
 		 472 aa  795    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.17228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25270  aromatic amino acid transport protein AroP1  76.3 
 
 		 469 aa  706    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53050  aromatic amino acid transport protein AroP2  81.06 
 
 		 472 aa  755    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4001  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 467 aa  934    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.070597  hitchhiker  0.0000638701 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0632  amino acid permease-associated region  67.33 
 
 		 448 aa  612  9.999999999999999e-175  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498089  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4013  amino acid permease-associated region  67.1 
 
 		 460 aa  605  9.999999999999999e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.82914  normal  0.390914 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0658  aromatic amino acid transporter  64.58 
 
 		 456 aa  598  1e-170  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.189383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3501  amino acid permease-associated region  64.98 
 
 		 461 aa  598  1e-170  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0705  amino acid permease-associated region  66.23 
 
 		 457 aa  599  1e-170  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00111  aromatic amino acid transporter  65.49 
 
 		 457 aa  596  1e-169  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00136665  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0168  aromatic amino acid transporter  65.71 
 
 		 456 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3490  amino acid permease-associated region  65.49 
 
 		 456 aa  596  1e-169  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.475795  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0116  aromatic amino acid transporter  65.49 
 
 		 456 aa  596  1e-169  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000572779  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0171  aromatic amino acid transporter  65.71 
 
 		 456 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.226433  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0114  aromatic amino acid transporter  65.49 
 
 		 456 aa  595  1e-169  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00114785  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0163  aromatic amino acid transporter  65.71 
 
 		 456 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0164  aromatic amino acid transporter  65.71 
 
 		 456 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.280272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0115  aromatic amino acid transporter  65.49 
 
 		 456 aa  596  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.329047 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2477  amino acid permease-associated region  64.76 
 
 		 457 aa  597  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.176999  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3547  aromatic amino acid transporter  65.49 
 
 		 456 aa  596  1e-169  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0288146  hitchhiker  0.00579888 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2381  aromatic amino acid transport protein AroP  64.76 
 
 		 457 aa  597  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000248721  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1665  aromatic amino acid transporter  64.76 
 
 		 457 aa  597  1e-169  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000114878  normal  0.317193 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0163  aromatic amino acid transporter  65.71 
 
 		 456 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0671  amino acid permease-associated region  66.15 
 
 		 453 aa  595  1e-169  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00110  hypothetical protein  65.49 
 
 		 457 aa  596  1e-169  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00481643  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3570  amino acid permease-associated region  65.71 
 
 		 452 aa  597  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0118  aromatic amino acid transporter  65.04 
 
 		 456 aa  593  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0360235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3123  amino acid permease-associated region  64.91 
 
 		 461 aa  593  1e-168  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.543489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2825  amino acid permease-associated region  65.12 
 
 		 455 aa  594  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0197973  hitchhiker  0.0017398 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1887  amino acid permease-associated region  67.66 
 
 		 466 aa  594  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0805194  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3756  amino acid permease-associated region  65.49 
 
 		 452 aa  592  1e-168  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0213954  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0601  amino acid permease-associated region  64.68 
 
 		 466 aa  593  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0105  aromatic amino acid transporter  65.27 
 
 		 456 aa  594  1e-168  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.138905  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0842  aromatic amino acid/H+ symporter  64.47 
 
 		 461 aa  588  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4926  aromatic amino acid transport protein  63.34 
 
 		 462 aa  582  1.0000000000000001e-165  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.262664  normal  0.164977 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0927  amino acid ABC transporter permease  64.52 
 
 		 453 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.416091 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2179  amino acid permease-associated region  67.43 
 
 		 463 aa  578  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0341805  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0933  amino acid permease-associated region  64.97 
 
 		 452 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0967  amino acid permease-associated region  64.52 
 
 		 453 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695825  normal  0.0389334 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4288  amino acid permease-associated region  64.52 
 
 		 451 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3494  amino acid permease-associated region  65.42 
 
 		 465 aa  569  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3366  aromatic amino acid transport protein AroP  65.42 
 
 		 465 aa  568  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0519215  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4502  amino acid permease-associated region  64.11 
 
 		 461 aa  568  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.281123  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1037  aromatic amino acid transporter  65.42 
 
 		 465 aa  568  1e-161  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.725191  normal  0.852119 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0666  aromatic amino acid transport protein  62.05 
 
 		 461 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.181372  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2394  aromatic amino acid transport protein  62.05 
 
 		 461 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245108  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1763  aromatic amino acid transport protein AroP  62.05 
 
 		 461 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.99301  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0799  aromatic amino acid transport protein AroP  62.05 
 
 		 461 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.578229  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1186  aromatic amino acid transport protein AroP  62.05 
 
 		 461 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1110  aromatic amino acid transport protein AroP  62.05 
 
 		 461 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1594  aromatic amino acid transport protein  62.61 
 
 		 461 aa  549  1e-155  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4269  amino acid permease-associated region  63.44 
 
 		 461 aa  548  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4796  amino acid permease-associated region  59.35 
 
 		 474 aa  546  1e-154  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0905824  normal  0.72838 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6005  amino acid permease-associated region  62.45 
 
 		 461 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.44513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1671  amino acid transporter  62.45 
 
 		 461 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0584756  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4018  amino acid permease-associated region  62.23 
 
 		 461 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.131075  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4349  amino acid permease-associated region  62.23 
 
 		 461 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.400009  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00537  phenylalanine transporter  57.02 
 
 		 458 aa  535  1e-151  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0657  phenylalanine transporter  57.24 
 
 		 470 aa  537  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3053  amino acid permease-associated region  57.02 
 
 		 470 aa  535  1e-151  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0594  phenylalanine transporter  57.24 
 
 		 458 aa  536  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.454121  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0623  phenylalanine transporter  57.24 
 
 		 458 aa  536  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0943118  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3070  phenylalanine transporter  57.24 
 
 		 470 aa  536  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0594  phenylalanine transporter  57.24 
 
 		 458 aa  536  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0679  phenylalanine transporter  57.68 
 
 		 464 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1059  phenylalanine transporter  56.29 
 
 		 462 aa  536  1e-151  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3758  amino acid permease-associated region  62.11 
 
 		 461 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.230663 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4232  amino acid permease-associated region  62.11 
 
 		 461 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0669  phenylalanine transporter  57.68 
 
 		 464 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.674612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0620  phenylalanine transporter  57.68 
 
 		 464 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.455988 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00526  hypothetical protein  57.02 
 
 		 458 aa  535  1e-151  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0470  phenylalanine transporter  57.02 
 
 		 458 aa  532  1e-150  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0735  phenylalanine transporter  57.46 
 
 		 464 aa  535  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0613  phenylalanine transporter  57.46 
 
 		 464 aa  535  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0552  amino acid permease-associated region  60.63 
 
 		 445 aa  533  1e-150  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0642  amino acid permease-associated region  59.47 
 
 		 459 aa  530  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.135903  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3147  amino acid permease-associated region  55.14 
 
 		 474 aa  517  1.0000000000000001e-145  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.520487  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2459  amino acid permease-associated region  52.19 
 
 		 462 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167644  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1325  amino acid permease-associated region  51.77 
 
 		 452 aa  444  1e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00135796  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1513  gamma-aminobutyrate permease  47.71 
 
 		 491 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0659  amino acid permease family protein  45.1 
 
 		 463 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000492464  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0603  amino acid permease; proline-specific permease  45.1 
 
 		 463 aa  398  9.999999999999999e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000034111  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0604  amino acid permease; proline-specific permease  45.1 
 
 		 463 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000017445  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3389  amino acid permease-associated region  45.65 
 
 		 464 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0693  amino acid permease family protein  45.1 
 
 		 463 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.890997  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0748  amino acid permease family protein  45.1 
 
 		 463 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194828 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0584  amino acid permease-associated region  45.1 
 
 		 463 aa  396  1e-109  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000395475  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3525  amino acid permease-associated region  45.22 
 
 		 462 aa  397  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4894  amino acid permease-associated region  46.22 
 
 		 459 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0725  amino acid permease family protein  44.88 
 
 		 463 aa  397  1e-109  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.050872  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0821  amino acid permease family protein  45.1 
 
 		 463 aa  395  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000433182  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3129  amino acid permease  45.49 
 
 		 468 aa  396  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4610  amino acid permease family protein  44.66 
 
 		 463 aa  395  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000638139  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>