More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1064 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1459  CBS domain-containing protein  94.76 
 
 		 401 aa  748    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.194165  normal  0.166405 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4262  transporter-associated region  94.51 
 
 		 401 aa  716    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4160  transporter-associated region  89.78 
 
 		 401 aa  669    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.212133  normal  0.476638 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1064  transporter-associated region  100 
 
 		 401 aa  810    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1016  hypothetical protein  59.66 
 
 		 413 aa  462  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.583006  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1470  CBS domain protein  57.64 
 
 		 415 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0359424  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1279  CBS:transporter-associated region  56.88 
 
 		 415 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.608605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3404  hypothetical protein  44.64 
 
 		 428 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.978563  normal  0.632864 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1370  hypothetical protein  55.91 
 
 		 429 aa  307  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39600  Mg/Co transporter-like protein  42.21 
 
 		 426 aa  306  4.0000000000000004e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.100251  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15930  hemolysin  60.34 
 
 		 430 aa  301  9e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467501  normal  0.32719 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2313  hypothetical protein  40.38 
 
 		 426 aa  299  5e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3019  hypothetical protein  42.34 
 
 		 427 aa  266  4e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00496912  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2263  hypothetical protein  38.63 
 
 		 440 aa  260  4e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.830702  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0092  hypothetical protein  36.36 
 
 		 426 aa  249  5e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0306325  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1166  hypothetical protein  35.45 
 
 		 427 aa  241  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215094 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0646  putative transport protein  35.36 
 
 		 423 aa  240  2.9999999999999997e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.781134  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3773  hypothetical protein  37.71 
 
 		 418 aa  239  5e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.163336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0842  protein of unknown function DUF21  35.66 
 
 		 430 aa  238  2e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2680  hypothetical protein  39.08 
 
 		 421 aa  236  4e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002533  putative hemolysin  34.75 
 
 		 422 aa  236  7e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2811  hypothetical protein  38.79 
 
 		 421 aa  233  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1668  hypothetical protein  33.97 
 
 		 429 aa  232  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.905318  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0469  hypothetical protein  35.54 
 
 		 426 aa  229  4e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272499  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0424  protein of unknown function DUF21  34.92 
 
 		 428 aa  229  9e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02501  predicted inner membrane protein  36.97 
 
 		 398 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000917299  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1062  protein of unknown function DUF21  37.43 
 
 		 413 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000790091  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1071  hypothetical protein  37.43 
 
 		 413 aa  227  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0188831  normal  0.0406794 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02465  hypothetical protein  36.97 
 
 		 398 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000805698  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2896  hypothetical protein  37.43 
 
 		 420 aa  227  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147354  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2764  hypothetical protein  37.43 
 
 		 420 aa  227  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000294524  normal  0.119885 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3001  hypothetical protein  37.43 
 
 		 420 aa  227  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000119732  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2771  hypothetical protein  37.43 
 
 		 420 aa  227  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000124547  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4076  putative magnesium and cobalt efflux protein CorB  35.29 
 
 		 421 aa  224  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03483  hypothetical protein  36.83 
 
 		 395 aa  224  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0561  HlyC/CorC (HCC) family protein  33.09 
 
 		 417 aa  222  7e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191293  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3367  hypothetical protein  34.49 
 
 		 427 aa  222  8e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00577149  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1622  magnesium and cobalt efflux protein  32.52 
 
 		 417 aa  221  1.9999999999999999e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0117884  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2895  hypothetical protein  37.18 
 
 		 413 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.132173  normal  0.997899 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3007  hypothetical protein  37.18 
 
 		 413 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.103767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0996  hypothetical protein  34.29 
 
 		 428 aa  220  3e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2825  hypothetical protein  37.18 
 
 		 413 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00280306  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3232  hypothetical protein  34.24 
 
 		 418 aa  220  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000119021  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2893  hypothetical protein  37.18 
 
 		 413 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3370  hemolysin  34.61 
 
 		 423 aa  220  3.9999999999999997e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1251  hypothetical protein  33.5 
 
 		 424 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000334819  hitchhiker  0.00000258332 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1060  hypothetical protein  36.87 
 
 		 427 aa  218  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2875  hypothetical protein  36.9 
 
 		 413 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.156935  normal  0.0970884 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2923  hypothetical protein  33.73 
 
 		 426 aa  216  8e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3093  hypothetical protein  35.03 
 
 		 413 aa  215  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000167222  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1429  transporter  32.54 
 
 		 419 aa  215  9.999999999999999e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.836538  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2132  hypothetical protein  33.52 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0846344  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0849  hypothetical protein  36.83 
 
 		 429 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000648521  hitchhiker  0.0000222957 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1046  hypothetical protein  33.1 
 
 		 427 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0461701  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0886  hypothetical protein  36.52 
 
 		 429 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.37649 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1156  hypothetical protein  35.29 
 
 		 431 aa  212  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0523696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2841  hypothetical protein  35.83 
 
 		 423 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.063755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2923  hypothetical protein  35.83 
 
 		 423 aa  211  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.801289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1165  hypothetical protein  33.25 
 
 		 423 aa  211  3e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.132593  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3020  hypothetical protein  35.56 
 
 		 423 aa  209  6e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000521324  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1354  hemolysin protein, putative  35.47 
 
 		 423 aa  209  7e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2371  transmembrane protein  34.84 
 
 		 432 aa  207  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.242025 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1200  metal dependent phosphohydrolase  35.61 
 
 		 426 aa  206  4e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1251  hypothetical protein  36.13 
 
 		 424 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000842338  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1284  hypothetical protein  35.85 
 
 		 424 aa  206  7e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00121999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3106  protein of unknown function DUF21  35.85 
 
 		 424 aa  206  7e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000105483  normal  0.0439763 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1207  hypothetical protein  35.85 
 
 		 424 aa  206  7e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000421474  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2757  hypothetical protein  34.92 
 
 		 428 aa  204  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000928443  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2824  hypothetical protein  34.05 
 
 		 425 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000593821  normal  0.0984639 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3069  protein of unknown function DUF21  33.89 
 
 		 424 aa  199  6e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.319515  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2704  protein of unknown function DUF21  33.65 
 
 		 424 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1176  protein of unknown function DUF21  36.36 
 
 		 426 aa  195  9e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.50437  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02692  hypothetical protein  34.49 
 
 		 394 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000130738  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1777  protein of unknown function DUF21  32.68 
 
 		 424 aa  194  3e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3664  hypothetical protein  32.13 
 
 		 430 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000481216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2817  hypothetical protein  31.18 
 
 		 497 aa  190  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.292015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0579  hypothetical protein  31.18 
 
 		 457 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460959  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0097  hypothetical protein  31.18 
 
 		 457 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000140223  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0640  CBS:protein of unknown function DUF21:transporter-associated region  31.97 
 
 		 423 aa  186  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0911  hypothetical protein  31.57 
 
 		 435 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2654  hypothetical protein  35.71 
 
 		 405 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0452813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0482  hypothetical protein  30.7 
 
 		 429 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000251302  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0510  hypothetical protein  32.12 
 
 		 420 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.17258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0203  protein of unknown function DUF21  33.43 
 
 		 429 aa  181  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.228231 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0505  CorC family Mg2+ / Co2+ transporter  34.8 
 
 		 403 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175643  normal  0.331146 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3451  protein of unknown function DUF21  34.78 
 
 		 403 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00533306  hitchhiker  0.000732193 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0549  hypothetical protein  34.59 
 
 		 401 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000304401  normal  0.0362947 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1532  hypothetical protein  32.01 
 
 		 442 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.788333 
 
 
-
 
NC_004310  BR2027  CBS domain-containing protein  31.35 
 
 		 435 aa  176  7e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.765021  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1949  CBS domain-containing protein  31.35 
 
 		 435 aa  176  7e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0534  hypothetical protein  29.62 
 
 		 436 aa  176  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.616871 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0507  hypothetical protein  33.96 
 
 		 400 aa  176  9e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000590838  normal  0.67931 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2814  hypothetical protein  32.22 
 
 		 442 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1613  UPF0053 inner membrane protein  30.73 
 
 		 433 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.405489  normal  0.446608 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1482  hypothetical protein  31.96 
 
 		 442 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.14439  normal  0.218713 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7571  CBS domain-containing protein  31.58 
 
 		 434 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.52117 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2275  hypothetical protein  33.15 
 
 		 429 aa  172  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.746126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3887  protein of unknown function DUF21  30.97 
 
 		 436 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0724448  hitchhiker  0.00619914 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2317  protein of unknown function DUF21  31.06 
 
 		 438 aa  171  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00842677 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3594  protein of unknown function DUF21  30.57 
 
 		 436 aa  171  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.798731 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>