More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1459 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1459  CBS domain-containing protein  100 
 
 		 401 aa  807    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.194165  normal  0.166405 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4160  transporter-associated region  89.53 
 
 		 401 aa  671    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.212133  normal  0.476638 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4262  transporter-associated region  97.51 
 
 		 401 aa  743    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1064  transporter-associated region  94.76 
 
 		 401 aa  720    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1016  hypothetical protein  59.41 
 
 		 413 aa  455  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.583006  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1470  CBS domain protein  56.78 
 
 		 415 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0359424  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1279  CBS:transporter-associated region  58.31 
 
 		 415 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.608605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3404  hypothetical protein  49.15 
 
 		 428 aa  329  6e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.978563  normal  0.632864 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1370  hypothetical protein  60.76 
 
 		 429 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39600  Mg/Co transporter-like protein  43.47 
 
 		 426 aa  303  4.0000000000000003e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.100251  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15930  hemolysin  59.92 
 
 		 430 aa  298  9e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.467501  normal  0.32719 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2313  hypothetical protein  39.52 
 
 		 426 aa  284  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3019  hypothetical protein  42.34 
 
 		 427 aa  264  2e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00496912  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2263  hypothetical protein  37.41 
 
 		 440 aa  261  2e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.830702  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0092  hypothetical protein  36.6 
 
 		 426 aa  248  9e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0306325  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1166  hypothetical protein  36.19 
 
 		 427 aa  241  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215094 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0646  putative transport protein  35.46 
 
 		 423 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.781134  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002533  putative hemolysin  35.46 
 
 		 422 aa  236  4e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3773  hypothetical protein  36.84 
 
 		 418 aa  236  8e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.163336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1668  hypothetical protein  34.94 
 
 		 429 aa  233  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.905318  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2680  hypothetical protein  38.79 
 
 		 421 aa  229  5e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0424  protein of unknown function DUF21  35.42 
 
 		 428 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0842  protein of unknown function DUF21  34.7 
 
 		 430 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02501  predicted inner membrane protein  37.25 
 
 		 398 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000917299  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1062  protein of unknown function DUF21  37.71 
 
 		 413 aa  228  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000790091  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02465  hypothetical protein  37.25 
 
 		 398 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000805698  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1071  hypothetical protein  37.71 
 
 		 413 aa  228  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0188831  normal  0.0406794 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2771  hypothetical protein  37.71 
 
 		 420 aa  228  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000124547  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3001  hypothetical protein  37.71 
 
 		 420 aa  228  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000119732  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2896  hypothetical protein  37.71 
 
 		 420 aa  228  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147354  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2764  hypothetical protein  37.71 
 
 		 420 aa  228  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000294524  normal  0.119885 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2811  hypothetical protein  38.51 
 
 		 421 aa  227  3e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03483  hypothetical protein  37.99 
 
 		 395 aa  227  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4076  putative magnesium and cobalt efflux protein CorB  35.29 
 
 		 421 aa  224  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0561  HlyC/CorC (HCC) family protein  34.62 
 
 		 417 aa  224  3e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191293  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0996  hypothetical protein  35.32 
 
 		 428 aa  222  8e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3367  hypothetical protein  36.26 
 
 		 427 aa  221  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00577149  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1622  magnesium and cobalt efflux protein  34.15 
 
 		 417 aa  221  1.9999999999999999e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0117884  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0469  hypothetical protein  35.29 
 
 		 426 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272499  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3007  hypothetical protein  37.18 
 
 		 413 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.103767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2895  hypothetical protein  37.18 
 
 		 413 aa  220  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.132173  normal  0.997899 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2893  hypothetical protein  37.18 
 
 		 413 aa  220  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2825  hypothetical protein  37.18 
 
 		 413 aa  220  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00280306  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3232  hypothetical protein  35.93 
 
 		 418 aa  219  8.999999999999998e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000119021  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2875  hypothetical protein  36.9 
 
 		 413 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.156935  normal  0.0970884 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1060  hypothetical protein  35.15 
 
 		 427 aa  216  4e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00777196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3093  hypothetical protein  36.16 
 
 		 413 aa  214  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000167222  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0886  hypothetical protein  36.86 
 
 		 429 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.37649 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0849  hypothetical protein  36.67 
 
 		 429 aa  213  5.999999999999999e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000648521  hitchhiker  0.0000222957 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1251  hypothetical protein  32.51 
 
 		 424 aa  213  7e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000334819  hitchhiker  0.00000258332 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3370  hemolysin  33.1 
 
 		 423 aa  213  7e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1156  hypothetical protein  35.57 
 
 		 431 aa  212  9e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0523696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2923  hypothetical protein  35.43 
 
 		 426 aa  212  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1046  hypothetical protein  33.18 
 
 		 427 aa  209  5e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0461701  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1165  hypothetical protein  33.73 
 
 		 423 aa  209  7e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.132593  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1429  transporter  33.41 
 
 		 419 aa  207  2e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.836538  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2923  hypothetical protein  33.92 
 
 		 423 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.801289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3020  hypothetical protein  33.92 
 
 		 423 aa  207  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000521324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2841  hypothetical protein  33.92 
 
 		 423 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.063755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2132  hypothetical protein  32.39 
 
 		 432 aa  205  9e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0846344  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1354  hemolysin protein, putative  33.25 
 
 		 423 aa  205  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1251  hypothetical protein  33.98 
 
 		 424 aa  205  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000842338  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1207  hypothetical protein  33.73 
 
 		 424 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000421474  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3106  protein of unknown function DUF21  33.73 
 
 		 424 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000105483  normal  0.0439763 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1284  hypothetical protein  33.73 
 
 		 424 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00121999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1200  metal dependent phosphohydrolase  35.53 
 
 		 426 aa  203  4e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2371  transmembrane protein  35.39 
 
 		 432 aa  202  6e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.242025 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2757  hypothetical protein  33.33 
 
 		 428 aa  202  9e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000928443  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02692  hypothetical protein  33.33 
 
 		 394 aa  193  5e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000130738  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1777  protein of unknown function DUF21  32.77 
 
 		 424 aa  187  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3664  hypothetical protein  32.13 
 
 		 430 aa  187  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000481216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1176  protein of unknown function DUF21  34.97 
 
 		 426 aa  186  5e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.50437  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0911  hypothetical protein  31.03 
 
 		 435 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2824  hypothetical protein  32.85 
 
 		 425 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000593821  normal  0.0984639 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2704  protein of unknown function DUF21  34.29 
 
 		 424 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2817  hypothetical protein  31.18 
 
 		 497 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.292015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3069  protein of unknown function DUF21  33.89 
 
 		 424 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.319515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0097  hypothetical protein  31.18 
 
 		 457 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000140223  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0579  hypothetical protein  31.18 
 
 		 457 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460959  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2654  hypothetical protein  35.95 
 
 		 405 aa  180  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0452813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0482  hypothetical protein  30.94 
 
 		 429 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000251302  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0203  protein of unknown function DUF21  33.43 
 
 		 429 aa  180  4.999999999999999e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.228231 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0640  CBS:protein of unknown function DUF21:transporter-associated region  32.2 
 
 		 423 aa  179  8e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3451  protein of unknown function DUF21  35.71 
 
 		 403 aa  176  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00533306  hitchhiker  0.000732193 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0505  CorC family Mg2+ / Co2+ transporter  35.4 
 
 		 403 aa  176  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175643  normal  0.331146 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0510  hypothetical protein  32.05 
 
 		 420 aa  176  8e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.17258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1613  UPF0053 inner membrane protein  31.59 
 
 		 433 aa  175  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.405489  normal  0.446608 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1532  hypothetical protein  30.52 
 
 		 442 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.788333 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0549  hypothetical protein  34.59 
 
 		 401 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000304401  normal  0.0362947 
 
 
-
 
NC_004310  BR2027  CBS domain-containing protein  31.64 
 
 		 435 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.765021  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1949  CBS domain-containing protein  31.64 
 
 		 435 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2275  hypothetical protein  31.58 
 
 		 429 aa  173  5e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.746126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0507  hypothetical protein  33.96 
 
 		 400 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000590838  normal  0.67931 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0534  hypothetical protein  30.09 
 
 		 436 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.616871 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3887  protein of unknown function DUF21  30.97 
 
 		 436 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0724448  hitchhiker  0.00619914 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2814  hypothetical protein  31.98 
 
 		 442 aa  170  4e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3594  protein of unknown function DUF21  30.97 
 
 		 436 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.798731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7571  CBS domain-containing protein  30.83 
 
 		 434 aa  170  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.52117 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0292  hypothetical protein  29.64 
 
 		 440 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1482  hypothetical protein  31.71 
 
 		 442 aa  169  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.14439  normal  0.218713 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>