More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4469 on replicon NC_008758
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008758  Pnap_4469  Rad3-related DNA helicases-like protein  100 
 
 		 330 aa  681    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0968334  hitchhiker  7.6564e-18 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0503  helicase c2  79.03 
 
 		 750 aa  531  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.516825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2033  ATP-dependent DNA helicase DinG  40.75 
 
 		 716 aa  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2732  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.69 
 
 		 738 aa  176  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.196414  normal  0.101558 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4158  ATP-dependent DNA helicase DinG  39.07 
 
 		 758 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0014  ATP-dependent DNA helicase DinG  39.64 
 
 		 729 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.11513  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0013  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.86 
 
 		 741 aa  163  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4120  ATP-dependent helicase, DinG family  36.3 
 
 		 714 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3856  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.93 
 
 		 714 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.160495  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0021  ATP-dependent DNA helicase DinG  39.91 
 
 		 692 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1624  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.15 
 
 		 721 aa  159  7e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2118  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.27 
 
 		 707 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149773  hitchhiker  0.000000714427 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4334  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.04 
 
 		 714 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.044641  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1225  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.81 
 
 		 714 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50840  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.67 
 
 		 714 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144938 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2381  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.3 
 
 		 720 aa  153  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980399 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2495  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.85 
 
 		 701 aa  152  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.324564  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1129  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.28 
 
 		 694 aa  152  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0640459  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2398  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.61 
 
 		 715 aa  150  4e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.927767  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1585  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.63 
 
 		 725 aa  149  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1427  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.44 
 
 		 714 aa  149  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.152164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0853  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.38 
 
 		 716 aa  149  7e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2844  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.38 
 
 		 716 aa  149  7e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0506897 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1125  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.16 
 
 		 714 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437588  hitchhiker  0.0000838668 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1161  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.16 
 
 		 714 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.665209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1146  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.16 
 
 		 714 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.980909  normal  0.730569 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4290  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.36 
 
 		 714 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2910  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.8 
 
 		 699 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00766  ATP-dependent DNA helicase  34.66 
 
 		 716 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2843  helicase c2  34.66 
 
 		 716 aa  147  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0866  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.66 
 
 		 716 aa  147  3e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00783  hypothetical protein  34.66 
 
 		 716 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0948  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.66 
 
 		 762 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2553  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.66 
 
 		 716 aa  147  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0823  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.66 
 
 		 716 aa  147  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1321  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.36 
 
 		 726 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2856  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.61 
 
 		 726 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.642331  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2777  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.61 
 
 		 726 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1289  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.67 
 
 		 725 aa  145  7.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.649523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0948  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.17 
 
 		 714 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.607089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0884  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.17 
 
 		 714 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0916  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.17 
 
 		 714 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0969  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.17 
 
 		 714 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.725445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0857  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.17 
 
 		 714 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1552  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.07 
 
 		 699 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1566  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.09 
 
 		 692 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000620367 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1461  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.41 
 
 		 732 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.498771 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.94 
 
 		 691 aa  139  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0995  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.33 
 
 		 708 aa  139  7.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2483  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.09 
 
 		 690 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204554 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3086  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.73 
 
 		 692 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175143  hitchhiker  0.0000411022 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1249  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.37 
 
 		 691 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000153763 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19450  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.36 
 
 		 714 aa  136  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.32 
 
 		 690 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.920562  hitchhiker  0.00302525 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01557  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.84 
 
 		 691 aa  135  9e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1652  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.57 
 
 		 690 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.303868 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1819  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.57 
 
 		 690 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2725  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.57 
 
 		 690 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0300555  hitchhiker  0.000425027 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2470  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.57 
 
 		 690 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2538  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.57 
 
 		 690 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.536241  unclonable  0.0000322681 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1629  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.57 
 
 		 690 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117477  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1618  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.57 
 
 		 690 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.326155  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2272  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.8 
 
 		 712 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2656  ATP-dependent DNA helicase DinG  32 
 
 		 690 aa  134  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.765136  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1513  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.42 
 
 		 690 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433839  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2429  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.79 
 
 		 691 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003963  ATP-dependent helicase DinG/Rad3  35.24 
 
 		 691 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1446  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.1 
 
 		 703 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107544  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2178  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.45 
 
 		 686 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.647766 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  35.98 
 
 		 659 aa  125  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  35.76 
 
 		 851 aa  124  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0350  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.62 
 
 		 711 aa  123  4e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00468076  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10610  DNA helicase, Rad3  37.11 
 
 		 673 aa  123  5e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.382167  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3841  helicase c2  34.78 
 
 		 665 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.478709  normal  0.0359375 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3855  helicase c2  34.78 
 
 		 665 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.210682  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3929  helicase c2  34.78 
 
 		 665 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0336304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  34.19 
 
 		 658 aa  119  7.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.65 
 
 		 952 aa  116  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3854  helicase c2  33.83 
 
 		 830 aa  116  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000920192 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2094  helicase c2  32.7 
 
 		 673 aa  116  6e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.239782  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.16 
 
 		 934 aa  116  6e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4298  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.12 
 
 		 666 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.641288 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3770  helicase c2  33.83 
 
 		 830 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  33.62 
 
 		 843 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6530  putative ATP-dependent helicase  35.29 
 
 		 674 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.290122  normal  0.0410108 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1280  helicase c2  36 
 
 		 677 aa  114  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0225088  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  28.47 
 
 		 832 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  28.94 
 
 		 929 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3854  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.88 
 
 		 700 aa  114  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  34.04 
 
 		 838 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1957  helicase c2  36.89 
 
 		 699 aa  113  5e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0276528  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  33.09 
 
 		 876 aa  112  6e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.22 
 
 		 921 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29270  DNA helicase, Rad3  34.51 
 
 		 684 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  31.02 
 
 		 822 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.48 
 
 		 944 aa  110  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  34.67 
 
 		 660 aa  110  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.07 
 
 		 956 aa  109  6e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1380  hypothetical protein  32.1 
 
 		 636 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.434814  normal  0.350106 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01766  hypothetical protein  32.1 
 
 		 636 aa  108  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479225  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>