More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2033 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0014  ATP-dependent DNA helicase DinG  51.49 
 
 		 729 aa  716    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.11513  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0021  ATP-dependent DNA helicase DinG  53.45 
 
 		 692 aa  696    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2033  ATP-dependent DNA helicase DinG  100 
 
 		 716 aa  1446    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2732  ATP-dependent DNA helicase DinG  53.1 
 
 		 738 aa  704    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.196414  normal  0.101558 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0013  ATP-dependent DNA helicase DinG  51.74 
 
 		 741 aa  714    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4158  ATP-dependent DNA helicase DinG  51.63 
 
 		 758 aa  719    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0503  helicase c2  39.63 
 
 		 750 aa  428  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.516825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4334  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.97 
 
 		 714 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.044641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50840  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.54 
 
 		 714 aa  405  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144938 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1125  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.93 
 
 		 714 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437588  hitchhiker  0.0000838668 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1146  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.25 
 
 		 714 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.980909  normal  0.730569 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4290  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.21 
 
 		 714 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1161  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.93 
 
 		 714 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.665209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1225  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.95 
 
 		 714 aa  396  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1427  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.61 
 
 		 714 aa  398  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.152164  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4120  ATP-dependent helicase, DinG family  35.23 
 
 		 714 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3856  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.23 
 
 		 714 aa  395  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.160495  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0995  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.92 
 
 		 708 aa  387  1e-106  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2118  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.52 
 
 		 707 aa  384  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149773  hitchhiker  0.000000714427 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19450  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.83 
 
 		 714 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1624  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.04 
 
 		 721 aa  382  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1585  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.29 
 
 		 725 aa  372  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2178  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.68 
 
 		 686 aa  360  6e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.647766 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2381  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.6 
 
 		 720 aa  357  2.9999999999999997e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980399 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1129  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.83 
 
 		 694 aa  356  8.999999999999999e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0640459  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1513  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.78 
 
 		 690 aa  354  2.9999999999999997e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433839  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1566  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.72 
 
 		 692 aa  353  8e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000620367 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003963  ATP-dependent helicase DinG/Rad3  32.08 
 
 		 691 aa  351  3e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.78 
 
 		 690 aa  351  3e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.920562  hitchhiker  0.00302525 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2656  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.86 
 
 		 690 aa  350  4e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.765136  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1249  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.55 
 
 		 691 aa  350  5e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000153763 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2470  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.64 
 
 		 690 aa  349  9e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1629  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.83 
 
 		 690 aa  349  1e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117477  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01557  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.33 
 
 		 691 aa  349  1e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2538  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.36 
 
 		 690 aa  349  1e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.536241  unclonable  0.0000322681 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2725  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.05 
 
 		 690 aa  348  2e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0300555  hitchhiker  0.000425027 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1652  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.83 
 
 		 690 aa  348  2e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.303868 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1618  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.83 
 
 		 690 aa  348  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.326155  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2483  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.01 
 
 		 690 aa  348  3e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204554 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1446  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.55 
 
 		 703 aa  348  3e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107544  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1819  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.36 
 
 		 690 aa  345  2e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3086  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.9 
 
 		 692 aa  343  4e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175143  hitchhiker  0.0000411022 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2272  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.51 
 
 		 712 aa  338  2.9999999999999997e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0350  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.29 
 
 		 711 aa  332  2e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00468076  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.35 
 
 		 691 aa  326  9e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2429  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.71 
 
 		 691 aa  323  8e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0857  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.54 
 
 		 714 aa  317  4e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0948  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.4 
 
 		 714 aa  316  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.607089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0916  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.4 
 
 		 714 aa  315  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1461  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.34 
 
 		 732 aa  315  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.498771 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0969  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.26 
 
 		 714 aa  314  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.725445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0884  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.26 
 
 		 714 aa  314  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0866  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.13 
 
 		 716 aa  312  1e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0823  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.12 
 
 		 716 aa  310  5e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00766  ATP-dependent DNA helicase  32.12 
 
 		 716 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2843  helicase c2  32.12 
 
 		 716 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00783  hypothetical protein  32.12 
 
 		 716 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2844  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.12 
 
 		 716 aa  310  8e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0506897 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0853  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.12 
 
 		 716 aa  310  8e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0948  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.98 
 
 		 762 aa  309  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2777  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.29 
 
 		 726 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3854  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.7 
 
 		 700 aa  308  2.0000000000000002e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2856  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.29 
 
 		 726 aa  308  2.0000000000000002e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.642331  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2398  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.5 
 
 		 715 aa  308  3e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.927767  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1321  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.29 
 
 		 726 aa  308  3e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2553  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.98 
 
 		 716 aa  308  3e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2495  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.25 
 
 		 701 aa  306  6e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.324564  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02825  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.92 
 
 		 710 aa  303  7.000000000000001e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2910  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.62 
 
 		 699 aa  303  1e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1289  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.06 
 
 		 725 aa  297  4e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.649523  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1552  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.01 
 
 		 699 aa  293  6e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.99 
 
 		 957 aa  253  1e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3670  helicase c2  30.98 
 
 		 664 aa  249  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.978483  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0024  helicase c2  27.66 
 
 		 846 aa  247  6e-64  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  28.13 
 
 		 822 aa  246  8e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.42 
 
 		 930 aa  243  9e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  30.44 
 
 		 659 aa  242  2e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  29.59 
 
 		 843 aa  242  2e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.16 
 
 		 929 aa  235  2.0000000000000002e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  30.07 
 
 		 851 aa  235  3e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000466591  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  29.97 
 
 		 929 aa  233  7.000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  30.04 
 
 		 838 aa  232  2e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.03 
 
 		 934 aa  230  5e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  29.96 
 
 		 661 aa  230  6e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000973223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.55 
 
 		 934 aa  230  8e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  29.35 
 
 		 840 aa  229  9e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.13 
 
 		 934 aa  229  1e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.69 
 
 		 921 aa  229  1e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  31.34 
 
 		 633 aa  229  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  31.14 
 
 		 643 aa  228  3e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.69 
 
 		 956 aa  227  7e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.36 
 
 		 934 aa  226  1e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.01 
 
 		 934 aa  226  1e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.22 
 
 		 934 aa  225  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  28.04 
 
 		 843 aa  224  3e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000977416  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4459  helicase c2  31.2 
 
 		 633 aa  224  6e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157065  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  29.32 
 
 		 876 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.12 
 
 		 921 aa  223  9.999999999999999e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4323  helicase c2  31.2 
 
 		 631 aa  223  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  30.57 
 
 		 646 aa  221  3e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>