65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3097 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3097  SH3 type 3 domain-containing protein  100 
 
 		 200 aa  395  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0933  hypothetical protein  79.26 
 
 		 222 aa  304  6e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10220  SH3 domain-containing protein  79.26 
 
 		 222 aa  304  6e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21503  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3631  hypothetical protein  68 
 
 		 216 aa  268  5e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0330275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2102  SH3 type 3 domain-containing protein  68 
 
 		 216 aa  268  5e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.106073  normal  0.494507 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2285  SH3 type 3 domain-containing protein  68.75 
 
 		 216 aa  267  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150232  normal  0.248949 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1910  hypothetical protein  65.33 
 
 		 249 aa  264  7e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00493464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3497  SH3-like region  65.33 
 
 		 276 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2369  SH3 type 3 domain-containing protein  68.78 
 
 		 222 aa  262  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.612691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2333  SH3-like region  50.5 
 
 		 205 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0682642  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3559  putative signal transduction protein  40.5 
 
 		 204 aa  133  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.617319  normal  0.171076 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3463  putative signal transduction protein  40.5 
 
 		 204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3457  putative signal transduction protein  40.5 
 
 		 204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.262114 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3389  putative signal transduction protein  40.5 
 
 		 204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3393  putative signal transduction protein  40.5 
 
 		 204 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3458  putative signal transduction protein  41.58 
 
 		 207 aa  131  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000279998  normal  0.164628 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3518  putative signal transduction protein  40.59 
 
 		 206 aa  128  6e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0645  SH3 domain protein  40.59 
 
 		 206 aa  127  9.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.8262e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02925  predicted signal transduction protein (SH3 domain)  40.59 
 
 		 206 aa  127  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000497007  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3232  putative signal transduction protein  40.59 
 
 		 206 aa  127  9.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0644  putative signal transduction protein  40.59 
 
 		 206 aa  127  9.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000398097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3348  putative signal transduction protein  40.59 
 
 		 206 aa  127  9.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02875  hypothetical protein  40.59 
 
 		 206 aa  127  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000049587  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4367  putative signal transduction protein  40.59 
 
 		 206 aa  127  9.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3566  putative signal transduction protein  37.81 
 
 		 206 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3407  putative signal transduction protein  38.31 
 
 		 206 aa  118  7e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0797  putative signal transduction protein  38.05 
 
 		 207 aa  112  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4292  putative signal transduction protein  39.47 
 
 		 206 aa  112  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000541961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0295  putative signal transduction protein  34.5 
 
 		 207 aa  111  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.023009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0642  putative signal transduction protein  36.13 
 
 		 206 aa  111  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000817142  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0561  putative signal transduction protein  36.13 
 
 		 206 aa  111  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000117264  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0831  putative signal transduction protein  37.8 
 
 		 205 aa  105  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.373037  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2683  hypothetical protein  31.11 
 
 		 203 aa  103  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0191282  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00861  hypothetical protein  33.89 
 
 		 203 aa  95.9  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2021  hypothetical protein  33.33 
 
 		 202 aa  95.5  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002011  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0851  SH3 domain-containing protein  31.72 
 
 		 182 aa  88.6  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  normal  0.217805 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1192  hypothetical protein  28.24 
 
 		 263 aa  87.4  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3121  SH3 domain-containing protein  30.56 
 
 		 182 aa  87.4  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000380978  normal  0.278206 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0567  SH3 type 3 domain-containing protein  28 
 
 		 193 aa  85.9  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0820  SH3 type 3 domain-containing protein  31.15 
 
 		 182 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.215798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4197  hypothetical protein  28.5 
 
 		 201 aa  83.6  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0616  SH3 domain-containing protein  28.8 
 
 		 182 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000839293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3489  SH3 type 3 domain-containing protein  32.43 
 
 		 181 aa  81.3  0.000000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000200384  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3845  SH3 domain-containing protein  28.72 
 
 		 181 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000383374  hitchhiker  0.0000000226441 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03714  SH3, type 3  28.37 
 
 		 258 aa  79  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000284257  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3852  SH3, type 3  28.93 
 
 		 199 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000664747  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3098  SH3 type 3 domain-containing protein  28.33 
 
 		 182 aa  78.6  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000537469  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0915  SH3 type 3 domain-containing protein  30.05 
 
 		 183 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000529775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0715  SH3 type 3 domain-containing protein  28 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000965232  unclonable  0.0000000117044 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0179  SH3 type 3 domain-containing protein  30.48 
 
 		 189 aa  75.9  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2675  SH3 domain-containing protein  27.32 
 
 		 200 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000104931  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3772  hypothetical protein  29.44 
 
 		 182 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2532  hypothetical protein  30.99 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0747  SH3 type 3 domain protein  28.44 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.737652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0690  SH3, type 3  25.51 
 
 		 193 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000176512  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0905  SH3 type 3 domain protein  26.6 
 
 		 192 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000893023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0881  SH3 type 3 domain-containing protein  26.8 
 
 		 182 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000001426  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1880  SH3 type 3 domain-containing protein  31.16 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3457  SH3 type 3 domain-containing protein  25.13 
 
 		 183 aa  57.4  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000152698  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0365  hypothetical protein  39.13 
 
 		 219 aa  52  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.213957  normal  0.529008 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1489  SH3 type 3 domain-containing protein  30.59 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000023318  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0726  SH3 type 3 domain protein  31.78 
 
 		 214 aa  49.7  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.413898  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1715  SH3 domain-containing protein  25.56 
 
 		 245 aa  46.6  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3683  SH3 type 3 domain-containing protein  31.07 
 
 		 219 aa  43.1  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1504  SH3-like region  26.92 
 
 		 224 aa  43.1  0.003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000015461  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>