71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0642 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0561  putative signal transduction protein  100 
 
 
206 aa  418  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000117264  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0642  putative signal transduction protein  100 
 
 
206 aa  418  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000817142  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0295  putative signal transduction protein  99.51 
 
 
207 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.023009  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4292  putative signal transduction protein  83.5 
 
 
206 aa  332  3e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000541961  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3566  putative signal transduction protein  76.7 
 
 
206 aa  300  9e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000190048  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3407  putative signal transduction protein  77.18 
 
 
206 aa  298  4e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4367  putative signal transduction protein  71.84 
 
 
206 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3232  putative signal transduction protein  71.84 
 
 
206 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02875  hypothetical protein  71.84 
 
 
206 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000049587  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02925  predicted signal transduction protein (SH3 domain)  71.84 
 
 
206 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000497007  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0644  putative signal transduction protein  71.84 
 
 
206 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000398097  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3348  putative signal transduction protein  71.84 
 
 
206 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0645  SH3 domain protein  71.84 
 
 
206 aa  281  5.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.8262e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3518  putative signal transduction protein  71.36 
 
 
206 aa  280  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3458  putative signal transduction protein  69.9 
 
 
207 aa  275  3e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000279998  normal  0.164628 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3457  putative signal transduction protein  71.84 
 
 
204 aa  274  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.262114 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3393  putative signal transduction protein  71.84 
 
 
204 aa  274  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3389  putative signal transduction protein  71.84 
 
 
204 aa  274  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3463  putative signal transduction protein  71.84 
 
 
204 aa  274  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3559  putative signal transduction protein  71.36 
 
 
204 aa  273  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.617319  normal  0.171076 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0797  putative signal transduction protein  66.34 
 
 
207 aa  245  3e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0831  putative signal transduction protein  66.49 
 
 
205 aa  229  3e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.373037  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2333  SH3-like region  40 
 
 
205 aa  165  4e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0682642  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3497  SH3-like region  41.54 
 
 
276 aa  161  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1910  hypothetical protein  40.76 
 
 
249 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00493464  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2369  SH3 type 3 domain-containing protein  40.76 
 
 
222 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.612691  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2285  SH3 type 3 domain-containing protein  39 
 
 
216 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150232  normal  0.248949 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10220  SH3 domain-containing protein  40.84 
 
 
222 aa  148  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21503  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0933  hypothetical protein  40.84 
 
 
222 aa  148  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3631  hypothetical protein  40.76 
 
 
216 aa  147  8e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0330275  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2102  SH3 type 3 domain-containing protein  40.76 
 
 
216 aa  147  8e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.106073  normal  0.494507 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2683  hypothetical protein  40.56 
 
 
203 aa  134  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0191282  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1192  hypothetical protein  39.22 
 
 
263 aa  127  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3852  SH3, type 3  35.29 
 
 
199 aa  122  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000664747  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3097  SH3 type 3 domain-containing protein  38.92 
 
 
200 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2021  hypothetical protein  37.56 
 
 
202 aa  118  7e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002011  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00861  hypothetical protein  36.87 
 
 
203 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0567  SH3 type 3 domain-containing protein  35.61 
 
 
193 aa  115  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0179  SH3 type 3 domain-containing protein  36.07 
 
 
189 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0715  SH3 type 3 domain-containing protein  33.17 
 
 
191 aa  107  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000965232  unclonable  0.0000000117044 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3489  SH3 type 3 domain-containing protein  33.51 
 
 
181 aa  102  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000200384  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0690  SH3, type 3  31.02 
 
 
193 aa  102  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000176512  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03714  SH3, type 3  29.21 
 
 
258 aa  103  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000284257  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0616  SH3 domain-containing protein  30.48 
 
 
182 aa  101  7e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000839293  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4197  hypothetical protein  33.83 
 
 
201 aa  101  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3845  SH3 domain-containing protein  32.62 
 
 
181 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000383374  hitchhiker  0.0000000226441 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0851  SH3 domain-containing protein  31.18 
 
 
182 aa  99.4  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  normal  0.217805 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3121  SH3 domain-containing protein  30.11 
 
 
182 aa  96.7  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000380978  normal  0.278206 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3772  hypothetical protein  31.18 
 
 
182 aa  96.3  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0915  SH3 type 3 domain-containing protein  30.6 
 
 
183 aa  95.1  7e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000529775  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0820  SH3 type 3 domain-containing protein  29.03 
 
 
182 aa  90.9  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000513438  normal  0.215798 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3098  SH3 type 3 domain-containing protein  30.6 
 
 
182 aa  89.4  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000537469  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2675  SH3 domain-containing protein  27.57 
 
 
200 aa  89  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000104931  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0905  SH3 type 3 domain protein  34.69 
 
 
192 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000893023  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0747  SH3 type 3 domain protein  26.34 
 
 
223 aa  78.6  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.737652  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3457  SH3 type 3 domain-containing protein  34.65 
 
 
183 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000152698  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0881  SH3 type 3 domain-containing protein  33.33 
 
 
182 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000001426  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2532  hypothetical protein  26.87 
 
 
219 aa  69.7  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2044  hypothetical protein  27.84 
 
 
236 aa  69.3  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.74668  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1880  SH3 type 3 domain-containing protein  26.96 
 
 
222 aa  65.1  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3683  SH3 type 3 domain-containing protein  26.6 
 
 
219 aa  62.8  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1715  SH3 domain-containing protein  26.99 
 
 
245 aa  59.3  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0499  hypothetical protein  25.85 
 
 
242 aa  52.4  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1489  SH3 type 3 domain-containing protein  26.95 
 
 
190 aa  51.6  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000023318  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0365  hypothetical protein  34.78 
 
 
219 aa  50.4  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.213957  normal  0.529008 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3625  SH3 type 3 domain-containing protein  24.06 
 
 
219 aa  48.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000261951  normal  0.528602 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1484  hypothetical protein  30 
 
 
136 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0157117  normal  0.426246 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2347  hypothetical protein  32.21 
 
 
222 aa  44.7  0.0009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0443383 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1504  SH3-like region  24.44 
 
 
224 aa  44.3  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000015461  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1807  hypothetical protein  27.78 
 
 
125 aa  43.5  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0726  SH3 type 3 domain protein  21.94 
 
 
214 aa  42.7  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.413898  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>