197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2376 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2376  hypothetical protein  100 
 
 		 222 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.128059  normal  0.023918 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3990  hypothetical protein  84.3 
 
 		 223 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0132572 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30410  hypothetical protein  84.23 
 
 		 222 aa  367  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3596  hypothetical protein  84.3 
 
 		 223 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1842  hypothetical protein  84.3 
 
 		 223 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0016223 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2604  hypothetical protein  84.23 
 
 		 222 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.50496  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2487  hypothetical protein  83.86 
 
 		 223 aa  363  1e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234713  normal  0.383043 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3333  hypothetical protein  83.41 
 
 		 223 aa  362  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.722624  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3164  hypothetical protein  83.41 
 
 		 223 aa  362  2e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.30239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3395  hypothetical protein  83.41 
 
 		 223 aa  362  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.912483  normal  0.775889 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28110  hypothetical protein  81 
 
 		 223 aa  358  4e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2846  hypothetical protein  58.18 
 
 		 219 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0018864  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2537  hypothetical protein  57.73 
 
 		 219 aa  236  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0345189  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1518  hypothetical protein  51.27 
 
 		 233 aa  232  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.884646  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3246  hypothetical protein  55.96 
 
 		 217 aa  232  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000289843  hitchhiker  0.0000576794 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0330  integral membrane protein  56.31 
 
 		 220 aa  231  5e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000128049  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1221  protein of unknown function UPF0005  57.21 
 
 		 219 aa  227  8e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2686  protein of unknown function UPF0005  57.41 
 
 		 219 aa  227  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1135  hypothetical protein  55.45 
 
 		 219 aa  225  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.53324  normal  0.675558 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2673  protein of unknown function UPF0005  55.45 
 
 		 219 aa  223  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000665712  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2148  hypothetical protein  55.45 
 
 		 219 aa  223  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0598762  normal  0.366892 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1078  hypothetical protein  55.45 
 
 		 219 aa  223  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000486786  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1084  hypothetical protein  55.45 
 
 		 219 aa  223  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000421704  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2626  hypothetical protein  55.45 
 
 		 219 aa  223  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0636098  hitchhiker  0.0000185004 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00974  inner membrane protein  55.45 
 
 		 219 aa  222  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0511489  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2345  hypothetical protein  55 
 
 		 219 aa  222  3e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0311475  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0489  hypothetical protein  51.58 
 
 		 221 aa  222  3e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00981  hypothetical protein  55.45 
 
 		 219 aa  222  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0860489  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1630  hypothetical protein  53.88 
 
 		 223 aa  215  4e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.068558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3403  protein of unknown function UPF0005  50.68 
 
 		 221 aa  215  5e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1767  hypothetical protein  61.42 
 
 		 219 aa  214  9e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000691139  hitchhiker  0.00190191 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1160  hypothetical protein  58.42 
 
 		 219 aa  213  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.572482  normal  0.332109 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1148  hypothetical protein  58.42 
 
 		 219 aa  213  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.466231  normal  0.361481 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1043  hypothetical protein  58.42 
 
 		 219 aa  213  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.598631  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1194  hypothetical protein  58.42 
 
 		 219 aa  213  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1126  hypothetical protein  58.42 
 
 		 219 aa  213  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.21152e-22 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1011  hypothetical protein  51.79 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0978  hypothetical protein  51.79 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1482  hypothetical protein  52.94 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00851236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1927  hypothetical protein  53.6 
 
 		 222 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.199344  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1654  hypothetical protein  53.15 
 
 		 222 aa  212  3.9999999999999995e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000000000318402  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2053  inner membrane protein  51.58 
 
 		 220 aa  211  5.999999999999999e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0952289  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003413  putative TEGT family carrier/transport protein  49.32 
 
 		 220 aa  211  7e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000444328  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02365  hypothetical protein  52.61 
 
 		 220 aa  209  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1618  integral membrane protein  52.25 
 
 		 217 aa  207  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000000000193362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1726  hypothetical protein  47.2 
 
 		 238 aa  199  3e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.327418 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1308  hypothetical protein  52.25 
 
 		 225 aa  192  3e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2350  hypothetical protein  46.85 
 
 		 222 aa  192  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0554095  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2451  hypothetical protein  49.78 
 
 		 222 aa  189  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000005036  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1391  hypothetical protein  54.59 
 
 		 226 aa  184  8e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0896  protein of unknown function UPF0005  44.1 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.723604 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2200  hypothetical protein  47.66 
 
 		 219 aa  170  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.581022  normal  0.150789 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2375  hypothetical protein  47.17 
 
 		 219 aa  169  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2060  hypothetical protein  47.64 
 
 		 219 aa  169  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00317153  hitchhiker  0.0000338815 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1202  carrier/transport protein  48.29 
 
 		 222 aa  169  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2166  hypothetical protein  47.3 
 
 		 219 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000169017  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1973  hypothetical protein  47.17 
 
 		 219 aa  166  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  0.569668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2003  hypothetical protein  47.17 
 
 		 219 aa  166  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.026814  hitchhiker  0.000326951 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2313  hypothetical protein  47.3 
 
 		 219 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000688522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2205  hypothetical protein  47.3 
 
 		 219 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000321186  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2201  protein of unknown function UPF0005  46.61 
 
 		 219 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000806989  normal  0.147893 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2001  hypothetical protein  45.7 
 
 		 219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000304908  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1809  hypothetical protein  46.38 
 
 		 219 aa  162  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000169879  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2136  hypothetical protein  44.76 
 
 		 219 aa  161  7e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0452556  normal  0.017863 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2473  hypothetical protein  44.19 
 
 		 219 aa  159  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000529364  hitchhiker  0.00138122 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2111  hypothetical protein  43.13 
 
 		 220 aa  158  7e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000565103  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2014  hypothetical protein  43.89 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000147608  hitchhiker  0.00304334 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1804  hypothetical protein  46.12 
 
 		 219 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.372462  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0466  protein of unknown function UPF0005  39.55 
 
 		 221 aa  156  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1782  hypothetical protein  44.34 
 
 		 218 aa  155  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104064  normal  0.0481152 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0971  hypothetical protein  44.39 
 
 		 223 aa  155  4e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000502235  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2215  hypothetical protein  39.3 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000153024  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1257  hypothetical protein  36.24 
 
 		 231 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0923659 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1843  hypothetical protein  37.44 
 
 		 201 aa  116  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000008049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2825  hypothetical protein  36.49 
 
 		 231 aa  112  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1054  protein of unknown function UPF0005  32.54 
 
 		 233 aa  111  9e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.698213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1146  protein of unknown function UPF0005  32.06 
 
 		 233 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.39216  normal  0.517284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1210  hypothetical protein  32.54 
 
 		 233 aa  109  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1802  protein of unknown function UPF0005  34.2 
 
 		 233 aa  109  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4627  hypothetical protein  34.74 
 
 		 230 aa  108  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000408248 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0852  hypothetical protein  35.61 
 
 		 230 aa  108  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000920073  hitchhiker  0.0000816273 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3316  hypothetical protein  34.43 
 
 		 230 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2042  normal  0.782956 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1437  protein of unknown function UPF0005  34.74 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2111  hypothetical protein  34.35 
 
 		 235 aa  107  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.312383  normal  0.217151 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1424  hypothetical protein  33.8 
 
 		 232 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.170635  normal  0.0981664 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2411  hypothetical protein  34.74 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.411936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2091  hypothetical protein  33.49 
 
 		 233 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1590  hypothetical protein  33.05 
 
 		 232 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.70175 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2545  protein of unknown function UPF0005  33.05 
 
 		 232 aa  106  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0069764  hitchhiker  0.00953127 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2359  hypothetical protein  31 
 
 		 232 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.372177  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2230  hypothetical protein  31 
 
 		 232 aa  105  8e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2194  hypothetical protein  31 
 
 		 232 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.259485  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2232  hypothetical protein  31 
 
 		 232 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3056  hypothetical protein  32.74 
 
 		 229 aa  104  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1349  hypothetical protein  31 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1839  hypothetical protein  31 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0058  hypothetical protein  31 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143946  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1111  hypothetical protein  31 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1294  hypothetical protein  33.18 
 
 		 233 aa  104  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000365925  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1459  hypothetical protein  31 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.372489  normal  0.378234 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>