56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2240 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2240  hypothetical protein  100 
 
 		 245 aa  487  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00222904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5164  hypothetical protein  80.83 
 
 		 245 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0738  hypothetical protein  70.8 
 
 		 244 aa  337  9.999999999999999e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3966  hypothetical protein  66.26 
 
 		 244 aa  332  4e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.790225  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1806  hypothetical protein  73.83 
 
 		 244 aa  329  2e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1770  hypothetical protein  64.75 
 
 		 246 aa  320  9.999999999999999e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0635916 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3196  hypothetical protein  67.56 
 
 		 244 aa  316  3e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5614  hypothetical protein  65.16 
 
 		 243 aa  311  7.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31000  hypothetical protein  60.58 
 
 		 247 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425681  unclonable  4.15969e-22 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1928  hypothetical protein  64.85 
 
 		 235 aa  276  3e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1348  hypothetical protein  63.55 
 
 		 232 aa  275  5e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.100138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2670  hypothetical protein  61.65 
 
 		 235 aa  272  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.74743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0273  hypothetical protein  62.14 
 
 		 231 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3994  hypothetical protein  60.29 
 
 		 231 aa  271  6e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2953  hypothetical protein  59.09 
 
 		 240 aa  271  9e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4383  hypothetical protein  57.47 
 
 		 231 aa  268  5e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.843651  normal  0.212711 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4862  hypothetical protein  55.9 
 
 		 232 aa  265  7e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3559  hypothetical protein  60.77 
 
 		 218 aa  265  7e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00304  hypothetical protein  57.73 
 
 		 232 aa  263  1e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.960293  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2521  hypothetical protein  57.14 
 
 		 232 aa  259  3e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3575  hypothetical protein  58.37 
 
 		 229 aa  257  1e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2506  hypothetical protein  48.09 
 
 		 263 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113634  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5138  hypothetical protein  43.85 
 
 		 261 aa  158  9e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187307  normal  0.615211 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2099  hypothetical protein  38.25 
 
 		 266 aa  149  6e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3303  hypothetical protein  34.44 
 
 		 367 aa  95.5  8e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1468  hypothetical protein  31.45 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00584135  normal  0.0667336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2026  hypothetical protein  27.75 
 
 		 281 aa  81.6  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0228946  normal  0.291576 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1950  hypothetical protein  27.75 
 
 		 281 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000488378  normal  0.190979 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1542  hypothetical protein  33.1 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.421236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0120  hypothetical protein  31.61 
 
 		 375 aa  75.9  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3468  hypothetical protein  34.69 
 
 		 195 aa  74.7  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0330591 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2537  hypothetical protein  37.96 
 
 		 358 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.42829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1444  hypothetical protein  35.77 
 
 		 390 aa  72  0.000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0952754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5109  hypothetical protein  31.03 
 
 		 344 aa  70.5  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.736318  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01566  hypothetical protein  33.33 
 
 		 365 aa  71.2  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.264184  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1961  hypothetical protein  30.54 
 
 		 382 aa  70.5  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2122  hypothetical protein  33.57 
 
 		 332 aa  69.7  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0876897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5081  hypothetical protein  33.8 
 
 		 204 aa  68.6  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.465912 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1443  hypothetical protein  27.78 
 
 		 344 aa  68.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.361496  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1879  hypothetical protein  31.41 
 
 		 191 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1299  hypothetical protein  32.76 
 
 		 374 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1291  hypothetical protein  32.62 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0185719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1451  hypothetical protein  34.55 
 
 		 384 aa  64.7  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.520035 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6125  hypothetical protein  31.03 
 
 		 328 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.226395  normal  0.500554 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6662  hypothetical protein  30.92 
 
 		 393 aa  62  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.633084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4235  hypothetical protein  28.57 
 
 		 208 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000309051  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04010  hypothetical protein  30.82 
 
 		 193 aa  60.8  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2938  hypothetical protein  26.46 
 
 		 414 aa  59.7  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.237054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2791  hypothetical protein  32.5 
 
 		 372 aa  58.9  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3056  hypothetical protein  31.34 
 
 		 407 aa  54.7  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2769  hypothetical protein  38.1 
 
 		 436 aa  49.7  0.00005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.037434  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04804  hypothetical protein  25.82 
 
 		 416 aa  45.4  0.0009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.259112 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1721  hypothetical protein  27.57 
 
 		 455 aa  43.9  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0531  hypothetical protein  31.25 
 
 		 197 aa  43.5  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.826605  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2565  putative transmembrane protein  28.77 
 
 		 392 aa  42.7  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.231073  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1250  hypothetical protein  41.46 
 
 		 95 aa  41.6  0.01  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.594091 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>