More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2267 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02157  DNA gyrase subunit A  40.63 
 
 		 875 aa  669    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1428  DNA gyrase, A subunit  40.74 
 
 		 875 aa  670    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000222135  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0461  DNA gyrase subunit A  41.98 
 
 		 833 aa  703    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1630  DNA gyrase, A subunit  40.43 
 
 		 809 aa  638    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0004  DNA gyrase, A subunit  43.2 
 
 		 857 aa  694    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1767  DNA gyrase subunit A  39.94 
 
 		 923 aa  668    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.159029  normal  0.697919 
 
 
-
 
NC_002950  PG1386  DNA gyrase, A subunit  39.27 
 
 		 859 aa  647    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000518586 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0295  DNA gyrase, A subunit  38.99 
 
 		 815 aa  639    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000104169  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2548  DNA gyrase, A subunit  41.89 
 
 		 893 aa  699    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1421  DNA gyrase, A subunit  44.08 
 
 		 860 aa  722    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.633923  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0737  DNA gyrase subunit A  41.09 
 
 		 928 aa  640    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0565103  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0901  DNA gyrase subunit A  41.15 
 
 		 885 aa  670    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.018045  normal  0.748507 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0006  DNA gyrase subunit A  41.26 
 
 		 823 aa  710    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.711032  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2331  DNA gyrase, A subunit  40.09 
 
 		 908 aa  661    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.627723  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11138  DNA gyrase A subunit  39.46 
 
 		 848 aa  660    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185535  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1097  DNA gyrase subunit A  41.82 
 
 		 922 aa  647    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.788697  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2411  DNA gyrase, A subunit  41.6 
 
 		 919 aa  677    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1745  DNA gyrase, subunit A  40.17 
 
 		 928 aa  649    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.6885  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0006  DNA gyrase subunit A  41.26 
 
 		 823 aa  710    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.814718  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0006  DNA gyrase subunit A  41.26 
 
 		 823 aa  710    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0006  DNA gyrase subunit A  41.26 
 
 		 823 aa  709    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0435  DNA gyrase subunit A  41.18 
 
 		 866 aa  671    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.361933  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1372  DNA gyrase, subunit A, type II topoisomerase  43.46 
 
 		 863 aa  709    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1368  DNA gyrase, subunit A, type II topoisomerase  43.57 
 
 		 863 aa  712    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3647  DNA gyrase subunit A  40.47 
 
 		 925 aa  649    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1543  DNA gyrase subunit A  37.8 
 
 		 930 aa  640    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.255758 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1230  DNA gyrase subunit A  41.44 
 
 		 879 aa  674    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0017603  normal  0.486018 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0007  DNA gyrase subunit A  41.66 
 
 		 848 aa  650    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2578  DNA gyrase subunit A  41.27 
 
 		 883 aa  676    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2804  DNA gyrase subunit A  41.15 
 
 		 949 aa  665    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.371561  hitchhiker  0.000745999 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0948  DNA gyrase subunit A  41.44 
 
 		 849 aa  680    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1801  DNA gyrase subunit A  41.58 
 
 		 913 aa  649    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.303162  normal  0.145926 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3000  DNA gyrase subunit A  41.07 
 
 		 866 aa  670    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0171  DNA gyrase, subunit A  43.82 
 
 		 846 aa  717    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.101835  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4078  DNA gyrase subunit A  41.24 
 
 		 887 aa  662    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0373422  normal  0.530642 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2578  DNA gyrase subunit A  41.18 
 
 		 888 aa  671    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0005  DNA gyrase, A subunit  43.42 
 
 		 835 aa  699    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.170541  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4153  DNA gyrase subunit A  41.74 
 
 		 867 aa  672    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0098  DNA gyrase, subunit A  40.16 
 
 		 815 aa  650    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0088  DNA gyrase, subunit A  41.94 
 
 		 828 aa  688    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0005  DNA gyrase subunit A  42.86 
 
 		 857 aa  684    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000593628  normal  0.429362 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0004  DNA gyrase subunit A  39.98 
 
 		 811 aa  657    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.882068  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1191  DNA gyrase, A subunit  41.57 
 
 		 871 aa  688    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0006  DNA gyrase subunit A  41.26 
 
 		 823 aa  710    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2189  DNA gyrase subunit A  41.48 
 
 		 893 aa  684    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1744  DNA gyrase subunit A  42.64 
 
 		 943 aa  639    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0008  DNA gyrase, A subunit  42.22 
 
 		 814 aa  658    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000266151  unclonable  0.0000000153333 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1632  DNA gyrase subunit A  41.25 
 
 		 866 aa  667    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4346  DNA gyrase subunit A  40.78 
 
 		 907 aa  647    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0007  DNA gyrase subunit A  40.11 
 
 		 834 aa  647    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2876  DNA gyrase subunit A  41.55 
 
 		 925 aa  638    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.987294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1045  DNA gyrase, A subunit  39.15 
 
 		 839 aa  644    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.980476  normal  0.0656064 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1571  DNA gyrase subunit A  42.46 
 
 		 880 aa  680    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612234  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2148  DNA gyrase subunit A  42.35 
 
 		 886 aa  685    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0598325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2584  DNA gyrase subunit A  41.66 
 
 		 927 aa  641    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.216203  normal  0.308753 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1688  DNA gyrase subunit A  41.1 
 
 		 864 aa  681    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.352233  normal  0.651217 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1795  DNA gyrase subunit A  42.08 
 
 		 880 aa  682    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.979791  unclonable  0.00000642236 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0974  DNA gyrase subunit A  40.85 
 
 		 882 aa  664    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1948  DNA gyrase, A subunit  41.01 
 
 		 908 aa  677    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000559672  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0420  DNA gyrase subunit A  41.65 
 
 		 830 aa  697    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.422569  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2464  DNA gyrase subunit A  42.73 
 
 		 888 aa  696    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.413363 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2168  DNA gyrase subunit A  41.76 
 
 		 907 aa  684    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1764  DNA gyrase subunit A  41.17 
 
 		 913 aa  643    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.314085  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1724  DNA gyrase, A subunit  37.78 
 
 		 928 aa  639    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0733273  normal  0.707795 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0713  DNA gyrase subunit A  40.81 
 
 		 897 aa  670    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0387  DNA gyrase, A subunit  40.25 
 
 		 847 aa  670    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4772  DNA gyrase subunit A  40.5 
 
 		 865 aa  689    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.427862  decreased coverage  0.00451801 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3280  DNA gyrase subunit A  41.08 
 
 		 886 aa  678    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.586239  normal  0.260066 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2790  DNA gyrase subunit A  41.85 
 
 		 889 aa  688    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0140578  hitchhiker  0.00260367 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0561  DNA gyrase subunit A  41.52 
 
 		 867 aa  671    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.3573  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0006  DNA gyrase subunit A  42.49 
 
 		 852 aa  676    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2470  DNA gyrase, A subunit  41.18 
 
 		 897 aa  686    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.931023  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1400  DNA gyrase subunit A  41.2 
 
 		 929 aa  647    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1682  DNA gyrase subunit A  40.83 
 
 		 865 aa  673    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0007  DNA gyrase subunit A  41.22 
 
 		 839 aa  678    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0007  DNA gyrase subunit A  41.27 
 
 		 839 aa  681    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1163  DNA gyrase subunit A  41.77 
 
 		 881 aa  684    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00841835  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1919  DNA gyrase subunit A  41.71 
 
 		 946 aa  677    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000233211  hitchhiker  0.00000000296006 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2059  DNA gyrase subunit A  41.71 
 
 		 944 aa  677    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00127013  unclonable  0.0000452472 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0923  DNA gyrase subunit A  41.38 
 
 		 862 aa  664    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.222877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2130  DNA gyrase, A subunit  41 
 
 		 909 aa  669    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.717755  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2238  DNA gyrase subunit A  41.51 
 
 		 873 aa  676    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0916  DNA gyrase subunit A  41.41 
 
 		 867 aa  671    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23260  DNA gyrase subunit A  39.87 
 
 		 921 aa  658    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00503917 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3119  DNA gyrase subunit A  40.62 
 
 		 914 aa  662    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0171955 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0006  DNA gyrase subunit A  38.55 
 
 		 866 aa  640    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0006  DNA gyrase, A subunit  38.32 
 
 		 829 aa  644    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000708877  hitchhiker  8.0391e-18 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0006  DNA gyrase subunit A  39.55 
 
 		 848 aa  639    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.889145  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1256  DNA gyrase subunit A  39.78 
 
 		 817 aa  647    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1040  DNA gyrase subunit A  41.52 
 
 		 867 aa  672    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1394  DNA gyrase, A subunit  41 
 
 		 796 aa  662    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2690  DNA gyrase, A subunit  41.16 
 
 		 813 aa  665    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.163226  decreased coverage  0.000223283 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1072  DNA gyrase subunit A  41.81 
 
 		 915 aa  660    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.554737 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1972  DNA gyrase subunit A  41.71 
 
 		 918 aa  677    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000455042  hitchhiker  0.000000817353 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0006  DNA gyrase subunit A  40.65 
 
 		 834 aa  642    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0005  DNA gyrase, A subunit  43.03 
 
 		 843 aa  700    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000262861  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2663  DNA gyrase subunit A  41.94 
 
 		 827 aa  688    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0795874  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0571  DNA gyrase, A subunit  42.83 
 
 		 856 aa  704    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.533459  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1731  DNA gyrase subunit A  41.14 
 
 		 901 aa  684    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0884555  hitchhiker  0.00443229 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1114  DNA gyrase, A subunit  39.42 
 
 		 898 aa  676    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.37334 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>