More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2273 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2273  50S ribosomal protein L20  100 
 
 		 119 aa  235  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.708838  normal  0.507228 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0451  50S ribosomal protein L20  81.36 
 
 		 119 aa  195  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2488  50S ribosomal protein L20  87.04 
 
 		 120 aa  192  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.250394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1764  50S ribosomal protein L20  85.19 
 
 		 120 aa  190  6e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0410  50S ribosomal protein L20  85.19 
 
 		 120 aa  190  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0231  50S ribosomal protein L20  77.97 
 
 		 121 aa  186  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2513  50S ribosomal protein L20  76.27 
 
 		 121 aa  182  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0219  ribosomal protein L20  70.34 
 
 		 118 aa  167  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1932  50S ribosomal protein L20  66.95 
 
 		 120 aa  166  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00425676  normal  0.0301455 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0674  50S ribosomal protein L20  68.64 
 
 		 133 aa  159  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1608  50S ribosomal protein L20  68.64 
 
 		 121 aa  159  1e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.248279  normal  0.0149786 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4534  50S ribosomal protein L20  67.8 
 
 		 134 aa  158  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.190026 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1628  50S ribosomal protein L20  67.8 
 
 		 121 aa  157  4e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0736554  hitchhiker  0.00508977 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5553  50S ribosomal protein L20  68.64 
 
 		 125 aa  156  7e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.129523  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2035  50S ribosomal protein L20  67.8 
 
 		 134 aa  156  8e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2120  50S ribosomal protein L20  67.8 
 
 		 134 aa  156  8e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.28003  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0215  50S ribosomal protein L20  66.95 
 
 		 119 aa  156  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.901812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4269  50S ribosomal protein L20  67.8 
 
 		 134 aa  156  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2431  50S ribosomal protein L20  66.1 
 
 		 125 aa  155  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.500057  normal  0.976562 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5320  50S ribosomal protein L20  67.8 
 
 		 125 aa  155  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0625876 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0800  50S ribosomal protein L20  66.1 
 
 		 134 aa  153  6e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1802  50S ribosomal protein L20  68.64 
 
 		 117 aa  151  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0021941  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3043  50S ribosomal protein L20  62.71 
 
 		 121 aa  152  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0129  50S ribosomal protein L20P  65.25 
 
 		 118 aa  152  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.049531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1836  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 		 119 aa  150  5.9999999999999996e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0576355 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3522  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 		 125 aa  149  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0363328  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0206  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 		 134 aa  149  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1314  50S ribosomal protein L20  62.71 
 
 		 133 aa  149  2e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3485  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 		 134 aa  148  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.500109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1979  50S ribosomal protein L20  67.52 
 
 		 118 aa  146  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0347964  normal  0.0774628 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2939  50S ribosomal protein L20  62.71 
 
 		 121 aa  145  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2381  ribosomal protein L20  66.67 
 
 		 118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153219  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2165  50S ribosomal protein L20  66.67 
 
 		 118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000386102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1934  50S ribosomal protein L20  66.67 
 
 		 118 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000268188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1580  50S ribosomal protein L20  65.25 
 
 		 119 aa  144  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1910  50S ribosomal protein L20  67.62 
 
 		 121 aa  143  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.384127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2468  50S ribosomal protein L20  65.81 
 
 		 118 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3222  50S ribosomal protein L20  65.81 
 
 		 118 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3153  50S ribosomal protein L20  65.74 
 
 		 125 aa  143  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3478  50S ribosomal protein L20  65.81 
 
 		 118 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800064  hitchhiker  0.00881726 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1970  50S ribosomal protein L20  65.81 
 
 		 118 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0648376  hitchhiker  0.00701004 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2507  50S ribosomal protein L20  65.25 
 
 		 118 aa  143  9e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28680  50S ribosomal protein L20  65.25 
 
 		 118 aa  143  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000531022 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2058  50S ribosomal protein L20  64.41 
 
 		 117 aa  143  9e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.524551  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20450  50S ribosomal protein L20  65.81 
 
 		 118 aa  143  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.834025  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1664  50S ribosomal protein L20  64.41 
 
 		 118 aa  142  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2496  50S ribosomal protein L20  62.71 
 
 		 118 aa  141  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00192283  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2594  ribosomal protein L20  63.56 
 
 		 118 aa  140  6e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000649926  hitchhiker  0.00570674 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0696  50S ribosomal protein L20  65.77 
 
 		 115 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129228  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0915  ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  136  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0448  50S ribosomal protein L20  65.74 
 
 		 119 aa  135  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0039  50S ribosomal protein L20  65.74 
 
 		 119 aa  135  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0430  ribosomal protein L20  59.32 
 
 		 119 aa  134  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2923  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 		 118 aa  134  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003713  LSU ribosomal protein L20p  61.86 
 
 		 117 aa  134  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000104464  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0366  50S ribosomal protein L20P  59.32 
 
 		 117 aa  134  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000702723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02082  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 117 aa  134  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2302  50S ribosomal protein L20  60.17 
 
 		 118 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2219  50S ribosomal protein L20  60.17 
 
 		 118 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000521277  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2187  50S ribosomal protein L20  60.17 
 
 		 118 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000144083  normal  0.0378081 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2151  50S ribosomal protein L20  60.17 
 
 		 118 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000337835  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1708  50S ribosomal protein L20  60.17 
 
 		 118 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0547661  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2327  50S ribosomal protein L20  60.17 
 
 		 118 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000174207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1958  50S ribosomal protein L20  60.17 
 
 		 118 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000262165  normal  0.497021 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2018  50S ribosomal protein L20  60.17 
 
 		 118 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000148558  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2015  50S ribosomal protein L20  60.17 
 
 		 118 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000132248  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2046  50S ribosomal protein L20  60.17 
 
 		 118 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000387614  hitchhiker  0.00333012 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2025  50S ribosomal protein L20  60.17 
 
 		 119 aa  133  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.240457  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0044  50S ribosomal protein L20  65.74 
 
 		 119 aa  133  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2260  50S ribosomal protein L20  60.17 
 
 		 119 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000555159  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1278  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 		 118 aa  133  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144087  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1163  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 		 118 aa  133  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.322945  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2029  50S ribosomal protein L20  60.17 
 
 		 119 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000108915  hitchhiker  0.0000236508 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1536  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.25728  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1093  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0111531  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2767  50S ribosomal protein L20  62.04 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2640  50S ribosomal protein L20  62.04 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1191  50S ribosomal protein L20  59.32 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1893  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.292968  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4618  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0133372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1776  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.462713 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2488  50S ribosomal protein L20  59.32 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000082554  hitchhiker  0.0000796215 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1738  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.183281  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2592  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.808755  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0165  50S ribosomal protein L20  64.81 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.520303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1455  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.324727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0996  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0966  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.215823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0200  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00269198  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1478  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.727027  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3092  50S ribosomal protein L20  58.47 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.907981  normal  0.0375631 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1555  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0939  50S ribosomal protein L20  61.02 
 
 		 117 aa  132  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000748381  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1768  50S ribosomal protein L20  59.32 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000021709  normal  0.0190948 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1715  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179133  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2000  50S ribosomal protein L20  61.02 
 
 		 120 aa  131  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0210248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2105  50S ribosomal protein L20  59.83 
 
 		 119 aa  131  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136209  normal  0.230589 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1374  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  131  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107797  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1402  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  131  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.274987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1362  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 		 119 aa  131  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>