More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0625 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0625  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  100 
 
 
323 aa  628  1e-179  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.307305 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2668  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  63.78 
 
 
333 aa  388  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.305023  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3080  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  64.56 
 
 
320 aa  388  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1008  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  63.47 
 
 
333 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3913  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  64.78 
 
 
318 aa  386  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3100  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  69.06 
 
 
322 aa  385  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0217  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  65.2 
 
 
330 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0653  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  57.95 
 
 
340 aa  303  3.0000000000000004e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.110294  normal  0.440734 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1685  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  58.36 
 
 
310 aa  300  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1486  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  53.5 
 
 
323 aa  300  3e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2562  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  53.53 
 
 
307 aa  291  1e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4711  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  54.42 
 
 
310 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4114  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  53.04 
 
 
316 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.82541  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3184  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  53.85 
 
 
313 aa  286  5e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.934853  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1849  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  51.27 
 
 
316 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000654272 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2242  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  50 
 
 
308 aa  279  4e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.161833  normal  0.0898347 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1344  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  50.16 
 
 
316 aa  279  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.256325  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0572  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  53.56 
 
 
307 aa  268  7e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.168816  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0588  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  49.06 
 
 
322 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.262938 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0543  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  49.37 
 
 
319 aa  264  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00391921  normal  0.561586 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0477  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  51.13 
 
 
321 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.036458  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2246  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  51.92 
 
 
326 aa  258  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0326669  normal  0.175638 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0965  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  48.76 
 
 
317 aa  256  3e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.291497  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0530  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  47.26 
 
 
342 aa  251  1e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2247  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  51.11 
 
 
322 aa  251  2e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0799329  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0718  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  51.49 
 
 
327 aa  250  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.884391  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0393  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  39.46 
 
 
334 aa  248  1e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.275276  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5382  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  53.74 
 
 
315 aa  247  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.309179 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43450  predicted protein  48.04 
 
 
404 aa  245  6.999999999999999e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0229957  normal  0.0842835 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2904  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  48.63 
 
 
329 aa  241  1e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.520314 
 
 
-
 
NC_004310  BR0415  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  45.48 
 
 
333 aa  240  2e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.638328  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0423  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  44.88 
 
 
333 aa  238  1e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0359  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  51.84 
 
 
312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0363  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  50.96 
 
 
324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0824  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  51.27 
 
 
316 aa  231  9e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129328  normal  0.188314 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0897  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  50.48 
 
 
316 aa  227  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.841681 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0857  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  50.16 
 
 
316 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.0717039 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12269  predicted protein  45.27 
 
 
300 aa  219  6e-56  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2235  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  42.47 
 
 
304 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.396167  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3112  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  46.03 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006685  CNC01780  prenyltransferase, putative  44.13 
 
 
373 aa  199  5e-50  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.451641  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2271  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  46.8 
 
 
302 aa  195  7e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.872623  normal  0.993319 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3384  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  40.79 
 
 
286 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2362  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  46.28 
 
 
328 aa  185  7e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.620404  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1316  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  38.01 
 
 
285 aa  181  1e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4497  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  38.87 
 
 
286 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0633254  normal  0.801833 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0468  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.5 
 
 
286 aa  179  4e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1877  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  49.31 
 
 
286 aa  177  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0951  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  42.33 
 
 
304 aa  178  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136396  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3396  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  38.73 
 
 
286 aa  177  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.442555  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_87025  Para-hydroxybenzoate--polyprenyltransferase, mitochondrial precursor (PHB:polyprenyltransferase)  40.51 
 
 
285 aa  177  2e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0420  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  40.21 
 
 
290 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00272  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  37.32 
 
 
284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5476  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  39.52 
 
 
296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3891  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.37 
 
 
286 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0442  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.65 
 
 
286 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4014  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.37 
 
 
286 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2048  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  39.71 
 
 
287 aa  173  3.9999999999999995e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3817  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.37 
 
 
286 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0140  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  39.71 
 
 
287 aa  173  3.9999999999999995e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.654949  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002146  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  38.25 
 
 
284 aa  172  5e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0468  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.65 
 
 
286 aa  172  9e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5031  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  40.34 
 
 
296 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.339437 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6135  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.16 
 
 
296 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70730  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  38.46 
 
 
296 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4409  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.79 
 
 
296 aa  170  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0458215 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3837  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  40.93 
 
 
299 aa  168  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0373903  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0469  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  36.49 
 
 
288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5604  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.93 
 
 
296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0965  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.63 
 
 
299 aa  165  8e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.271339  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0126  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  37.72 
 
 
287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0156  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  38.89 
 
 
296 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.594676 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3595  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  38.57 
 
 
294 aa  162  9e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4399  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  36.86 
 
 
284 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0474  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.37 
 
 
286 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3557  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.37 
 
 
286 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.393254  normal  0.712542 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0470  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.02 
 
 
286 aa  159  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517028  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3372  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  38.33 
 
 
286 aa  159  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.962775  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3401  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  41.2 
 
 
287 aa  159  8e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2895  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  37.32 
 
 
285 aa  158  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2421  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.35 
 
 
284 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.755837  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48510  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  37.04 
 
 
295 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.826372  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1018  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  39.44 
 
 
290 aa  157  3e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1217  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  40.43 
 
 
285 aa  156  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.45215  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2283  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  40.5 
 
 
289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00642168 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5365  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.58 
 
 
296 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.346697 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3808  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  41.99 
 
 
311 aa  155  7e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.466325  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0053  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  36.61 
 
 
299 aa  155  8e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0716312  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5226  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.24 
 
 
296 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.46324 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5318  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.24 
 
 
296 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0511  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  40 
 
 
287 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0581  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  32.27 
 
 
292 aa  155  1e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00583623  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0371  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  41.85 
 
 
290 aa  155  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.156009  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0054  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.71 
 
 
296 aa  155  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0138918  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0380  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  41.85 
 
 
290 aa  155  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0044  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  36.61 
 
 
299 aa  154  2e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3469  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  37.02 
 
 
287 aa  154  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.689102  normal  0.729322 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3527  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  39.29 
 
 
294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4502  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  40.28 
 
 
290 aa  153  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3988  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  40.28 
 
 
290 aa  153  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.370593 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>