33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1923 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1923  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 223 aa  461  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3098  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 225 aa  52  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.243755  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2820  TetR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 227 aa  51.6  0.000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310679  normal  0.463394 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2159  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 245 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1996  regulatory protein TetR  32.8 
 
 		 215 aa  46.6  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1689  transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 		 195 aa  46.2  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 195 aa  46.2  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  28.42 
 
 		 195 aa  45.8  0.0005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0839  transcriptional regulator, TetR family  23.13 
 
 		 196 aa  45.4  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0880  transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 212 aa  45.1  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.987052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3850  TetR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 207 aa  45.1  0.0009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.349935 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0194  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 225 aa  44.3  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32320  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 200 aa  44.7  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.247928 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 237 aa  44.7  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 208 aa  44.3  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1382  transcriptional regulator, TetR family  38 
 
 		 241 aa  43.9  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0100297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3010  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 218 aa  43.5  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5762  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 204 aa  43.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.182054  normal  0.0696367 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3637  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 228 aa  43.5  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3636  putative transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 212 aa  43.1  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 208 aa  42.7  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3183  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 220 aa  42.7  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2880  TetR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 192 aa  42.4  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.226546 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5760  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 209 aa  42.4  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.204819 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5615  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 206 aa  42.4  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.328639  normal  0.169387 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05345  transcriptional regulator, tetR family protein  25.56 
 
 		 190 aa  42.4  0.006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  hitchhiker  0.00749651  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08440  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 190 aa  41.6  0.009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4024  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 199 aa  41.6  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.497962  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0693  TetR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 207 aa  41.6  0.009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000831417  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0908  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 207 aa  41.6  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.469028  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0233  hypothetical protein  35.09 
 
 		 246 aa  41.6  0.01  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2095  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 222 aa  41.6  0.01  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.112478 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>