49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3882 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3882  phage terminase, small subunit, putative  100 
 
 		 155 aa  319  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.686092  hitchhiker  0.00346128 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4461  putative phage terminase, small subunit, P27 family  69.68 
 
 		 154 aa  218  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000187625 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2470  phage terminase, small subunit, , P27 family  67.48 
 
 		 163 aa  216  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2597  phage terminase, small subunit, , P27 family  59.52 
 
 		 170 aa  197  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115209  normal  0.0515475 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2968  phage terminase small subunit  59.28 
 
 		 170 aa  184  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1185  P27 family phage terminase small subunit  37.5 
 
 		 160 aa  105  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.133965  hitchhiker  0.000000000518622 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1723  P27 family phage terminase small subunit  35.62 
 
 		 160 aa  101  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000117045  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7138  P27 family phage terminase small subunit  37.01 
 
 		 152 aa  90.9  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00058611 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0871  P27 family phage terminase small subunit  32.26 
 
 		 152 aa  87.4  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.831198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1288  P27 family phage terminase small subunit  32.24 
 
 		 132 aa  87.4  7e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1659  putative phage terminase, small subunit, P27 family  33.77 
 
 		 157 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2064  P27 family phage terminase small subunit  29.94 
 
 		 156 aa  80.1  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00145671 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0646  P27 family phage terminase small subunit  33.54 
 
 		 161 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.646797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7333  phage terminase, small subunit, , P27 family  34.53 
 
 		 152 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.367321  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3398  P27 family phage terminase small subunit  32.19 
 
 		 158 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.096573  hitchhiker  0.0000000756325 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1678  P27 family phage terminase small subunit  28.57 
 
 		 161 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.253906  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2021  phage terminase, small subunit, putative, P27  32.03 
 
 		 137 aa  65.1  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1724  phage terminase, small subunit, putative, P27  32.81 
 
 		 138 aa  65.1  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0277511  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0334  phage terminase, small subunit, putative, P27  31.25 
 
 		 137 aa  63.5  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3265  phage terminase, small subunit, P27 family  31.47 
 
 		 153 aa  63.2  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.757677  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1473  phage terminase, small subunit, putative, P27  30.08 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.889427  normal  0.331074 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0622  phage terminase, small subunit, , P27 family  28.1 
 
 		 165 aa  62.4  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2620  phage terminase, small subunit, putative, P27 family  28.57 
 
 		 167 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0118703  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1617  phage terminase, small subunit, putative, P27  30.08 
 
 		 131 aa  62  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.207143  normal  0.415042 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0465  phage terminase, small subunit  29.11 
 
 		 157 aa  55.5  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.371651 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2268  putative phage terminase, small subunit, P27 family  31.47 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.753219  normal  0.08804 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2272  putative phage terminase, small subunit, P27 family  31.47 
 
 		 164 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0621935  hitchhiker  0.0000000000000114171 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0220  phage terminase, small subunit, , P27 family  26.53 
 
 		 166 aa  52.8  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.0000000228338  unclonable  0.00000741257 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0839  phage terminase, small subunit, putative, P27  31.67 
 
 		 154 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00189834  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1320  P27 family phage terminase small subunit  31.67 
 
 		 154 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000502965  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1966  Phage terminase protein  31.43 
 
 		 155 aa  50.8  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.358239  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1369  P27 family phage terminase small subunit  28.81 
 
 		 143 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.369715 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4249  phage terminase, small subunit, , P27 family  29.41 
 
 		 160 aa  49.7  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1650  Phage terminase, small subunit  26.74 
 
 		 187 aa  48.5  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3974  hypothetical protein  25 
 
 		 173 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0829411 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0286  P27 family phage terminase small subunit  27.46 
 
 		 144 aa  48.1  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1588  putative phage terminase, small subunit  25.83 
 
 		 170 aa  46.2  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0296354  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2274  Phage terminase small subunit-like protein  27.48 
 
 		 132 aa  44.3  0.0006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1698  Phage terminase small subunit-like protein  27.48 
 
 		 132 aa  44.3  0.0006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1314  Phage terminase small subunit-like protein  27.48 
 
 		 132 aa  44.3  0.0006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2236  hypothetical protein  25 
 
 		 126 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.236529  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2481  phage terminase, small subunit, putative, P27  22.69 
 
 		 130 aa  43.5  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4095  hypothetical protein  25 
 
 		 126 aa  43.5  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.537246  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3807  hypothetical protein  25 
 
 		 126 aa  43.5  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4386  phage terminase, small subunit, putative, P27 family  26.72 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5504  phage terminase, small subunit, , P27 family  25.66 
 
 		 144 aa  42.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12668  phiRv2 prophage protein  27.95 
 
 		 163 aa  41.2  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1120  P27 family phage terminase small subunit  24.09 
 
 		 157 aa  41.2  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2353  hypothetical protein  26.67 
 
 		 131 aa  41.2  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>