More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4062 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4062  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 237 aa  493  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0973983  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4253  transcriptional regulator, GntR family  96.62 
 
 		 237 aa  477  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.506804  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0193  transcriptional regulator, GntR family  75.1 
 
 		 242 aa  376  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.852438  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0931  GntR family transcriptional regulator  69.49 
 
 		 239 aa  348  3e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.475471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0978  transcriptional regulator, GntR family  56.17 
 
 		 237 aa  270  1e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000622691  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2556  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 248 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000796144 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1920  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 248 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2532  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 248 aa  87.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00685301  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1007  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 267 aa  87  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497463  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4156  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 244 aa  87  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5864  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 248 aa  85.9  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.564885  normal  0.734875 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0560  transcriptional regulator, GntR family  30.95 
 
 		 244 aa  86.3  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.645686  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2450  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 258 aa  85.1  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000263261 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2580  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 258 aa  85.1  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.496201  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6155  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 244 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272713  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0138  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2878  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0763  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 248 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00237996 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1450  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3168  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0720  GntR family regulatory protein  29.52 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.035737  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0292  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2212  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.189171  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0551  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2825  GntR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214074  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2836  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 240 aa  83.2  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1211  GntR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 241 aa  82.8  0.000000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1647  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 251 aa  81.6  0.000000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.771403 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0552  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 248 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689242  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2257  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 248 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2666  transcriptional regulator, GntR family  26.36 
 
 		 237 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1100  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 248 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.100378  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0949  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 248 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0754  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 248 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.304598  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2130  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 248 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0946  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 248 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.406281  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0534  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 244 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.237769  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0291  GntR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2885  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 244 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0478  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0696996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2743  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 244 aa  79  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.927097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0783  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 248 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 233 aa  79  0.00000000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3182  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 248 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.659988  hitchhiker  0.001615 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3150  GntR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 251 aa  79  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000981065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1361  putative transcriptional regulator  31.43 
 
 		 277 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15830  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 247 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.800651  normal  0.0246518 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1962  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 242 aa  79  0.00000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00453299  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  28.43 
 
 		 240 aa  78.2  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0446  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 244 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 241 aa  76.6  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1535  transcriptional regulator  30 
 
 		 233 aa  76.3  0.0000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.178039  normal  0.468584 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0178  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.516335 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0077  transcriptional regulator, GntR family  28.89 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0189  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0198  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 241 aa  75.5  0.0000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3593  transcriptional regulator, GntR family  25.35 
 
 		 239 aa  75.5  0.0000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000412  transcriptional regulator of succinyl CoA synthetase operon  27.51 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  27.92 
 
 		 240 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1234  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.43 
 
 		 272 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.550496  normal  0.0276711 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0552  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 248 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0339408 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  27.92 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  27.92 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  27.92 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  27.92 
 
 		 240 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5574  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.43 
 
 		 255 aa  73.6  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.701747  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6236  transcriptional regulator GntR family  28.11 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.83701  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1309  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2509  GntR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.31596  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  25.65 
 
 		 247 aa  72  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04320  transcriptional regulator GntR family  27.6 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3544  GntR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 256 aa  72  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0335375  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0513  GntR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 257 aa  72  0.000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0447  GntR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 257 aa  72  0.000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3536  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 252 aa  71.6  0.000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.482817 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3531  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 252 aa  71.6  0.000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.405596  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3604  GntR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 252 aa  71.6  0.000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.890109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  31.87 
 
 		 244 aa  71.6  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3118  transcriptional regulator, GntR family  29.81 
 
 		 237 aa  71.2  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.180499  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1526  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 235 aa  70.9  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.059282  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0551  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 268 aa  70.5  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2416  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 246 aa  70.1  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.47741  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  24.61 
 
 		 243 aa  68.9  0.00000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1727  GntR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 236 aa  68.9  0.00000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3873  transcriptional regulator, GntR family  26.41 
 
 		 244 aa  68.9  0.00000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1988  GntR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 249 aa  68.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1687  GntR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2998  transcriptional regulator, GntR family  29.94 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000222084  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2122  transcriptional regulator, GntR family  26.79 
 
 		 244 aa  67.8  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2284  GntR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 265 aa  67  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  28.28 
 
 		 245 aa  67  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  26.73 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2176  GntR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 264 aa  67  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>