81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1138 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1138  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 120 aa  249  6e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32440  hypothetical protein  77.97 
 
 		 124 aa  204  5e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279284  normal  0.628291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2748  hypothetical protein  77.12 
 
 		 122 aa  201  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2288  Cupin 2 conserved barrel domain protein  74.79 
 
 		 129 aa  196  9e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1263  cupin 2 domain-containing protein  71.43 
 
 		 124 aa  186  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.56762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2023  cupin 2 domain-containing protein  68.1 
 
 		 128 aa  184  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4314  cupin 2 domain-containing protein  65.55 
 
 		 128 aa  181  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.671076  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2071  hypothetical protein  65.52 
 
 		 128 aa  179  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3672  cupin 2 domain-containing protein  64.66 
 
 		 128 aa  179  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3543  cupin 2 domain-containing protein  60.17 
 
 		 121 aa  163  9e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.76307  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5709  cupin region  62.4 
 
 		 141 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4738  putative mannose-6-phosphate isomerase  61.6 
 
 		 141 aa  160  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0188561  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1451  Cupin 2 conserved barrel domain protein  55.46 
 
 		 124 aa  145  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.28609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3776  cupin 2 domain-containing protein  57.02 
 
 		 135 aa  142  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.849059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0773  cupin 2 protein  52.88 
 
 		 116 aa  125  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.707426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4578  cupin 2 domain-containing protein  50.94 
 
 		 133 aa  124  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.753369 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1032  Cupin 2 conserved barrel domain protein  45.22 
 
 		 121 aa  122  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4683  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.02 
 
 		 124 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  9.43245e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3085  hypothetical protein  62.03 
 
 		 83 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000829377  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3327  hypothetical protein  62.03 
 
 		 83 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2975  hypothetical protein  62.03 
 
 		 83 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000359936  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3029  hypothetical protein  62.03 
 
 		 83 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1985  cupin domain protein  62.03 
 
 		 83 aa  110  5e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2465  hypothetical protein  44.92 
 
 		 121 aa  110  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0296269  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2793  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.34 
 
 		 119 aa  110  9e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1740  Cupin 2 conserved barrel domain protein  47.32 
 
 		 120 aa  108  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.778095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4778  hypothetical protein  42.5 
 
 		 124 aa  107  7.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0156379  hitchhiker  0.00784209 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2288  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.43 
 
 		 120 aa  107  8.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3297  cupin domain protein  62.67 
 
 		 79 aa  106  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3305  cupin domain protein  62.67 
 
 		 79 aa  106  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2572  cupin 2 domain-containing protein  41.07 
 
 		 121 aa  101  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.149975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3205  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.34 
 
 		 125 aa  100  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2817  cupin 2 domain-containing protein  49.12 
 
 		 121 aa  100  8e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0189675  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5232  hypothetical protein  40.57 
 
 		 131 aa  99  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.234619 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6454  cyclic nucleotide-binding protein  42.48 
 
 		 133 aa  98.2  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0782544  normal  0.0803587 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2876  cupin 2 domain-containing protein  38.53 
 
 		 131 aa  96.7  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.859242  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2052  cyclic nucleotide-binding protein  36.36 
 
 		 134 aa  95.5  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0843968 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3531  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.29 
 
 		 125 aa  95.5  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0222774 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0215  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.99 
 
 		 127 aa  95.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0243  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.06 
 
 		 127 aa  92.8  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.220888  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3332  cyclic nucleotide-binding protein  39.42 
 
 		 130 aa  92.4  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0026  double-stranded beta-helix-like protein  34.19 
 
 		 123 aa  91.7  3e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6039  cupin 2 domain-containing protein  40.95 
 
 		 132 aa  91.3  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.728658 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6339  cupin 2 domain-containing protein  40.95 
 
 		 132 aa  91.7  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1424  cupin 2 domain-containing protein  43.27 
 
 		 123 aa  90.5  7e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.383328  hitchhiker  0.000000123197 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0688  hypothetical protein  41.35 
 
 		 126 aa  87.8  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00812076  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1711  hypothetical protein  41.35 
 
 		 126 aa  86.7  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0711827  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2296  cupin domain-containing protein  41.35 
 
 		 126 aa  86.7  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.686481  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2435  cupin domain-containing protein  41.35 
 
 		 126 aa  86.7  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.416831  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0760  cupin domain-containing protein  41.35 
 
 		 126 aa  86.7  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0558257  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03745  hypothetical protein  40 
 
 		 121 aa  82.4  0.000000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2748  hypothetical protein  38.1 
 
 		 116 aa  70.1  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3267  major facilitator superfamily MFS_1  28.16 
 
 		 641 aa  65.5  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0360641 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2620  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.21 
 
 		 99 aa  58.5  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.824016 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4363  hypothetical protein  29.89 
 
 		 110 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0049775  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4755  hypothetical protein  29.89 
 
 		 110 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4355  hypothetical protein  32.18 
 
 		 110 aa  55.5  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.833469  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0036  hypothetical protein  39.68 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.059536  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4729  hypothetical protein  29.89 
 
 		 110 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2431  hypothetical protein  32 
 
 		 103 aa  55.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2567  hypothetical protein  38.98 
 
 		 64 aa  55.8  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4739  YdbB  32.18 
 
 		 110 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4750  YdbB  31.03 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000160799  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4449  cupin 2 domain-containing protein  35.29 
 
 		 110 aa  54.3  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000519881  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4516  hypothetical protein  34.62 
 
 		 132 aa  54.7  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4869  hypothetical protein  36.76 
 
 		 110 aa  54.3  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0506  hypothetical protein  28.74 
 
 		 110 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3365  hypothetical protein  33.66 
 
 		 114 aa  50.8  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0439  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.4 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.395009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0425  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.53 
 
 		 110 aa  47  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0839073  hitchhiker  0.0000787974 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2346  cupin 2 domain-containing protein  30 
 
 		 100 aa  46.2  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50 
 
 		 146 aa  44.3  0.0007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2050  DSBH domain-containing protein  30 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2073  cupin 2, barrel  47.06 
 
 		 156 aa  42  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.607152 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6348  cupin 2 domain-containing protein  32.32 
 
 		 163 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0812  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.6 
 
 		 91 aa  41.6  0.003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000379382  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0633  hypothetical protein  26.14 
 
 		 120 aa  41.6  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.641228  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0656  cupin 2 domain-containing protein  29.67 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1709  cupin 2, barrel  38.1 
 
 		 163 aa  40.4  0.007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.448021 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2546  cupin 2 domain-containing protein  21.51 
 
 		 109 aa  40.8  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3113  cupin 2 domain-containing protein  38.1 
 
 		 174 aa  40.4  0.009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.487782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>