108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4578 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4578  cupin 2 domain-containing protein  100 
 
 		 133 aa  275  2e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.753369 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0773  cupin 2 protein  73.87 
 
 		 116 aa  176  9e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.707426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3543  cupin 2 domain-containing protein  49.06 
 
 		 121 aa  126  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.76307  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1032  Cupin 2 conserved barrel domain protein  52.1 
 
 		 121 aa  124  4.0000000000000003e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1138  Cupin 2 conserved barrel domain protein  50.94 
 
 		 120 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2288  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.7 
 
 		 129 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32440  hypothetical protein  52.83 
 
 		 124 aa  122  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279284  normal  0.628291 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4314  cupin 2 domain-containing protein  54.29 
 
 		 128 aa  122  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.671076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4738  putative mannose-6-phosphate isomerase  54.7 
 
 		 141 aa  120  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0188561  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2748  hypothetical protein  54.37 
 
 		 122 aa  120  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5709  cupin region  51.26 
 
 		 141 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1263  cupin 2 domain-containing protein  53.4 
 
 		 124 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.56762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1451  Cupin 2 conserved barrel domain protein  51.38 
 
 		 124 aa  117  4.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.28609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2023  cupin 2 domain-containing protein  51.96 
 
 		 128 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2052  cyclic nucleotide-binding protein  53.21 
 
 		 134 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0843968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2071  hypothetical protein  49.11 
 
 		 128 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3672  cupin 2 domain-containing protein  49.11 
 
 		 128 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2465  hypothetical protein  41.9 
 
 		 121 aa  113  8.999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0296269  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5232  hypothetical protein  56.07 
 
 		 131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.234619 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2572  cupin 2 domain-containing protein  45.22 
 
 		 121 aa  111  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.149975  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3332  cyclic nucleotide-binding protein  50.93 
 
 		 130 aa  110  8.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2793  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.44 
 
 		 119 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4683  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.34 
 
 		 124 aa  108  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  9.43245e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6454  cyclic nucleotide-binding protein  47.75 
 
 		 133 aa  105  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0782544  normal  0.0803587 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2876  cupin 2 domain-containing protein  49.53 
 
 		 131 aa  104  4e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.859242  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0215  Cupin 2 conserved barrel domain protein  48.04 
 
 		 127 aa  103  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3776  cupin 2 domain-containing protein  43.22 
 
 		 135 aa  100  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.849059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1740  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.59 
 
 		 120 aa  100  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.778095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2288  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.2 
 
 		 120 aa  100  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03745  hypothetical protein  42.45 
 
 		 121 aa  99.8  1e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0243  Cupin 2 conserved barrel domain protein  46.08 
 
 		 127 aa  99.8  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.220888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1424  cupin 2 domain-containing protein  47.22 
 
 		 123 aa  97.8  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.383328  hitchhiker  0.000000123197 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0026  double-stranded beta-helix-like protein  38.18 
 
 		 123 aa  96.3  1e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3205  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.59 
 
 		 125 aa  94.7  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2817  cupin 2 domain-containing protein  44.07 
 
 		 121 aa  92.8  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0189675  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4778  hypothetical protein  35.96 
 
 		 124 aa  91.7  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0156379  hitchhiker  0.00784209 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3531  Cupin 2 conserved barrel domain protein  41.67 
 
 		 125 aa  91.3  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0222774 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6339  cupin 2 domain-containing protein  38.79 
 
 		 132 aa  88.6  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6039  cupin 2 domain-containing protein  38.79 
 
 		 132 aa  89  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.728658 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1985  cupin domain protein  46.15 
 
 		 83 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3085  hypothetical protein  45.45 
 
 		 83 aa  85.5  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000829377  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3029  hypothetical protein  45.45 
 
 		 83 aa  85.5  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2975  hypothetical protein  45.45 
 
 		 83 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000359936  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3327  hypothetical protein  45.45 
 
 		 83 aa  85.5  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3297  cupin domain protein  47.95 
 
 		 79 aa  84  6e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3305  cupin domain protein  47.95 
 
 		 79 aa  84  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0688  hypothetical protein  40.95 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00812076  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2296  cupin domain-containing protein  39.81 
 
 		 126 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.686481  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1711  hypothetical protein  40 
 
 		 126 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0711827  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0760  cupin domain-containing protein  40 
 
 		 126 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0558257  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2435  cupin domain-containing protein  40 
 
 		 126 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.416831  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3267  major facilitator superfamily MFS_1  35.24 
 
 		 641 aa  72  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0360641 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2748  hypothetical protein  30.21 
 
 		 116 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0481  hypothetical protein  33.7 
 
 		 119 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2620  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.41 
 
 		 99 aa  54.3  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.824016 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0036  hypothetical protein  38.71 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.059536  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33680  Protein of unknown function (DUF861)  32.97 
 
 		 147 aa  52.8  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.741976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0638  cupin 2 domain-containing protein  31.96 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0425  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.66 
 
 		 110 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0839073  hitchhiker  0.0000787974 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0826  DSBH domain-containing protein  30.43 
 
 		 203 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.432318  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5987  cupin domain-containing protein  31.52 
 
 		 103 aa  50.8  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0536952 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2513  cupin domain-containing protein  30.77 
 
 		 120 aa  50.4  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2374  cupin domain-containing protein  30.77 
 
 		 120 aa  50.4  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0471  cupin domain-containing protein  30.77 
 
 		 120 aa  50.4  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3365  hypothetical protein  45.9 
 
 		 114 aa  50.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0422  hypothetical protein  30.77 
 
 		 105 aa  50.4  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4869  hypothetical protein  27.47 
 
 		 110 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1800  hypothetical protein  30.77 
 
 		 103 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2567  hypothetical protein  40.68 
 
 		 64 aa  49.7  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2346  cupin 2 domain-containing protein  32.5 
 
 		 100 aa  49.7  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0439  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.66 
 
 		 110 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.395009  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4516  hypothetical protein  27.47 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4355  hypothetical protein  28.57 
 
 		 110 aa  49.3  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.833469  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4363  hypothetical protein  26.37 
 
 		 110 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0049775  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4056  cupin 2, barrel  31.82 
 
 		 103 aa  48.9  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.27583  normal  0.219742 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2048  cupin 2, barrel  32.61 
 
 		 103 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2659  cupin 2 domain-containing protein  32.61 
 
 		 103 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4748  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1177  cyclic nucleotide-binding protein  29.35 
 
 		 103 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.886024  normal  0.414565 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4739  YdbB  28.57 
 
 		 110 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1238  cyclic nucleotide-binding protein  29.35 
 
 		 103 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103405  normal  0.772826 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4449  cupin 2 domain-containing protein  26.37 
 
 		 110 aa  48.1  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000519881  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0633  hypothetical protein  30.77 
 
 		 120 aa  47.8  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.641228  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2706  cupin 2 domain-containing protein  30.43 
 
 		 103 aa  47.8  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4750  YdbB  27.47 
 
 		 110 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000160799  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4755  hypothetical protein  26.37 
 
 		 110 aa  47.4  0.00006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4729  hypothetical protein  26.37 
 
 		 110 aa  47.4  0.00006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2580  cupin 2 domain-containing protein  30.43 
 
 		 103 aa  47.4  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2688  cupin 2 domain-containing protein  31.52 
 
 		 103 aa  47  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4719  cupin domain-containing protein  30.43 
 
 		 103 aa  47  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.330194  normal  0.0255317 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0506  hypothetical protein  25.27 
 
 		 110 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  40 
 
 		 146 aa  44.7  0.0004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4149  hypothetical protein  35.29 
 
 		 150 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26535  decreased coverage  0.0023385 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1271  cupin 2 domain-containing protein  29.55 
 
 		 103 aa  44.7  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.113842  hitchhiker  0.00655091 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0656  cupin 2 domain-containing protein  27.17 
 
 		 103 aa  44.3  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2050  DSBH domain-containing protein  30.34 
 
 		 103 aa  43.9  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1644  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.21 
 
 		 154 aa  43.5  0.0009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.522674  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0664  cupin 2 domain-containing protein  35 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2501  cupin 2 domain-containing protein  36.76 
 
 		 135 aa  42  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.342935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1663  hypothetical protein  25.77 
 
 		 103 aa  41.6  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.231428  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2206  hypothetical protein  25.27 
 
 		 121 aa  41.6  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.747866 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>