More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2159 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_2159  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  100 
 
 
308 aa  617  1e-176  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3068  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  45.08 
 
 
289 aa  238  9e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2122  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  45.87 
 
 
295 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.337883  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1089  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  45.76 
 
 
290 aa  230  3e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0903415  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1062  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  45.42 
 
 
290 aa  229  6e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1078  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  45.42 
 
 
290 aa  229  6e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0733755 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3299  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  45.85 
 
 
295 aa  228  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.241837  normal  0.0981124 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10765  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase mmsB  45.76 
 
 
294 aa  228  1e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.17463e-32  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0615  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.14 
 
 
295 aa  224  1e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3091  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  45 
 
 
295 aa  223  4e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.207365 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2525  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  45.64 
 
 
295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927103  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2156  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  45.12 
 
 
299 aa  218  7e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.501348 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2189  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.03 
 
 
314 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.276186 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6723  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.83 
 
 
293 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216228  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1308  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  44.57 
 
 
294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.258741  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2556  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  45.27 
 
 
299 aa  216  5e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5817  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.1 
 
 
293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0885665 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0422  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  44.27 
 
 
313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3900  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.23 
 
 
289 aa  213  3.9999999999999995e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2900  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.24 
 
 
296 aa  212  7e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.287224  hitchhiker  0.0000517661 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22120  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43 
 
 
296 aa  212  7e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.218091 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0127  hypothetical protein  40.88 
 
 
298 aa  212  7.999999999999999e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5012  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  41.75 
 
 
290 aa  211  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.210845  normal  0.196211 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3056  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.05 
 
 
291 aa  211  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.76812 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0632  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.67 
 
 
319 aa  209  5e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2177  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  46.03 
 
 
296 aa  209  6e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0142  hypothetical protein  40.54 
 
 
298 aa  208  8e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1101  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  44.37 
 
 
290 aa  208  8e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1360  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.37 
 
 
290 aa  208  8e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.117709  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1542  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.48 
 
 
297 aa  208  9e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0206535  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4931  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.2 
 
 
293 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.684033  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0861  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  41.84 
 
 
289 aa  206  3e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1337  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.33 
 
 
290 aa  205  8e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0431672  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1322  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.73 
 
 
300 aa  204  1e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.172587  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2479  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.85 
 
 
296 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.766336  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1787  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.45 
 
 
290 aa  203  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426643  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4243  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.75 
 
 
298 aa  202  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.519219  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3935  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.89 
 
 
295 aa  202  5e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1682  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.91 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2600  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.38 
 
 
299 aa  199  6e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00798756  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0297  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.87 
 
 
309 aa  198  9e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0154  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.09 
 
 
290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5958  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.18 
 
 
293 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.564119  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1870  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  45 
 
 
296 aa  196  5.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1148  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  39.25 
 
 
297 aa  196  5.000000000000001e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1018  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  39.93 
 
 
297 aa  195  8.000000000000001e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1276  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.97 
 
 
296 aa  195  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.476211  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1314  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.97 
 
 
296 aa  194  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.848516  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1752  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  46.67 
 
 
291 aa  193  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.526559 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2181  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  44.52 
 
 
298 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0829  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  44.52 
 
 
298 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.601203  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0921  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  44.52 
 
 
298 aa  193  4e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3581  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  44.3 
 
 
296 aa  192  6e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0647  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  41.75 
 
 
296 aa  192  7e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.020642  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001550  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.79 
 
 
301 aa  190  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3407  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  44.44 
 
 
299 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.373946  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5326  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  44.44 
 
 
299 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.012022  normal  0.0232804 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4960  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  44.44 
 
 
299 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.247948 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6083  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.26 
 
 
281 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.662698  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3782  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.38 
 
 
297 aa  190  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1513  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.34 
 
 
321 aa  189  5e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01512  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  39.13 
 
 
291 aa  189  5e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0223  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.94 
 
 
296 aa  188  9e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.681241  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1800  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.49 
 
 
298 aa  188  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3253  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.47 
 
 
300 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.337633  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1907  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  46.26 
 
 
290 aa  188  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.60651  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0717  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.77 
 
 
299 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.396436  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0904  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40 
 
 
321 aa  186  5e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.482151 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3659  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.43 
 
 
299 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.881887 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01370  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.98 
 
 
301 aa  186  6e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1809  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.47 
 
 
295 aa  185  7e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3976  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.67 
 
 
297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4089  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.67 
 
 
297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  0.24894 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0245  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.81 
 
 
298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4901  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.43 
 
 
300 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0315002  normal  0.105454 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4382  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.43 
 
 
300 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.128 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3539  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.4 
 
 
299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.744262  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0690  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.07 
 
 
295 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2005  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.14 
 
 
295 aa  181  9.000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.848417  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0649  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase oxidoreductase protein  42.67 
 
 
298 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3050  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.94 
 
 
298 aa  179  4e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0336395  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2471  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  41.95 
 
 
300 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.657669  decreased coverage  0.00450242 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05487  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  39.71 
 
 
301 aa  179  5.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18140  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  39.53 
 
 
298 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1402  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.54 
 
 
300 aa  179  7e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3690  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.71 
 
 
297 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.781744  normal  0.0707419 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4530  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.41 
 
 
295 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0233897  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4666  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.41 
 
 
295 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.534341  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0783  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.07 
 
 
296 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1575  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.16 
 
 
298 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.880265  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6449  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  35.52 
 
 
311 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00013981  hitchhiker  2.49994e-16 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5647  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.28 
 
 
304 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.373454  normal  0.924081 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4664  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.41 
 
 
295 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.128162  normal  0.386359 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0768  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  40.41 
 
 
295 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.600561 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5129  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  39.93 
 
 
297 aa  176  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.468786 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1530  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  41.79 
 
 
300 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1494  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  41.79 
 
 
300 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2851  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  41.79 
 
 
300 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000128399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1500  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  41.79 
 
 
300 aa  175  9e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000370  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.63 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.81552  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>