118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0025 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0010  tRNA-Leu  94.19 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0014  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  0.6782 
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 85 bp  99.6  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0015  tRNA-Leu  87.78 
 
 		 90 bp  89.7  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0750  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0310097  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1215  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0031  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 83 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0308753  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0007  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNALeuVIMSS1309184  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 83 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309276  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0042  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0052  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0129877  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNALeuVIMSS1309360  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  86.05 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0019  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0038  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0068  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0006  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.26401 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0071  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193194  normal  0.106914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0072  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0024  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.348047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0027  tRNA-Leu  91.11 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.985368  normal  0.200865 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0082  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367959  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 81 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1187  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  83.72 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0032  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0022  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0031  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  90 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  88.64 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0014  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20516  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0004  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.129174  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0068  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000622539  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0053  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.477245 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309087  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309138  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309257  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309179  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.227033  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3504  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  93.33 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>