27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3513 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3513  putative TolA  100 
 
 		 314 aa  624  1e-178  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.613542  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4148  putative TolA  71.87 
 
 		 325 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.347109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2718  hypothetical protein  90.78 
 
 		 350 aa  281  1e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.822326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6882  putative TonB protein  48.48 
 
 		 336 aa  272  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.060115 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4752  putative TolA  54.81 
 
 		 314 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1310  protein TolA  78.16 
 
 		 327 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1811  putative TolA  75 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.33266  normal  0.207811 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3057  putative TolA  33.86 
 
 		 317 aa  119  7.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3172  TolA, TolA protein  32.27 
 
 		 351 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00152494  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0271  TolA protein  33.19 
 
 		 436 aa  93.2  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.640452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0921  TolA protein  35.43 
 
 		 394 aa  87.4  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.214208 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2628  putative signal peptide protein  28.65 
 
 		 356 aa  69.3  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3388  protein TolA  30 
 
 		 464 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.457375  normal  0.323397 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0745  protein TolA  27.86 
 
 		 450 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2417  putative TolA  34.29 
 
 		 271 aa  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2134  hypothetical protein  32.98 
 
 		 270 aa  63.9  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4761  protein TolA  29.63 
 
 		 471 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5228  protein TolA  29.63 
 
 		 471 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.219448  normal  0.0816314 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5303  protein TolA  28.81 
 
 		 458 aa  59.3  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.477296  normal  0.671035 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4435  protein TolA  29.21 
 
 		 472 aa  57  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.229247  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3497  outer membrane protein  24.81 
 
 		 379 aa  50.8  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.103237 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2429  hypothetical protein  27.62 
 
 		 287 aa  48.1  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.370619  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0392  hypothetical protein  30.1 
 
 		 368 aa  48.1  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0972  CheA signal transduction histidine kinase  31.87 
 
 		 393 aa  47  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.786655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2366  TonB domain-containing protein  28.42 
 
 		 383 aa  45.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.858133 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0607  internalin, putative  39.23 
 
 		 1088 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3202  outer membrane protein  25.33 
 
 		 381 aa  44.3  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.791496  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>