263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0080 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0080  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35500  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  97.26 
 
 		 74 bp  129  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 74 bp  121  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 74 bp  121  1.9999999999999998e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0011  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38700  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0013  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0057  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0058  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00122195  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0004  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0004  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.699145  normal  0.0309415 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0007  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00254544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0001  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.508752  normal  0.0130418 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0004  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.786418  normal  0.400526 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0028  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14004  tRNA-Gly  91.43 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0047  tRNA-Gly  91.43 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0059  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.000543343  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0005  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.582473  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0067  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.294367 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.951593  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0055  tRNA-Gly  89.71 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1872  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0196085  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0318  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000203347  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0002  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0092  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000423712  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0045  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0957385  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0039  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0040  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.983411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0008  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.612025 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0032  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.274432  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2370  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00487087  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt09  tRNA-Gly  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000184169  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0023  tRNA-Gly  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0041  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.771709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0025  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.351803  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0002  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.367155  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118359  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571258  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0006  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 66 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.926314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0079  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.926442  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0110  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0023  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.021733  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0567  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0036  tRNA-Gly  86.57 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0180  tRNA-Gly  86.57 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0303819  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0105  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0007  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.864337  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309383  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120568 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0070  tRNA-Gly  87.93 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0869039  normal  0.608865 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0011  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511847  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309207  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>