More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_R0005 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  95.71 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1872  tRNA-Gly  94.52 
 
 		 74 bp  113  6e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0196085  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0318  tRNA-Gly  94.52 
 
 		 75 bp  113  6e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000203347  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118359  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0071  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000022788  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0071  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000447795  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0032  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000435638  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0032  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000507298  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571258  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  93.06 
 
 		 74 bp  103  5e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  93.06 
 
 		 74 bp  103  5e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0052  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000802106  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0064  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0086  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.795168  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0088  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0081  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0459508  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.951593  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0040  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.983411  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0308  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2370  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00487087  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0264  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000581931  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0331  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.222457  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0062  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000596481  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0075  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.300561  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 71 bp  81.8  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt09  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000184169  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0110  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0009  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.365276  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0032  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.274432  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000010318  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0057  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  95.56 
 
 		 71 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0041  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.771709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 71 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2801  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000458752  normal  0.102156 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0007  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000568475  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0089  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0007  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000313428  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0007  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000140906  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4287  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.14711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0013  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1121t  tRNA-OTHER  97.5 
 
 		 69 bp  71.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0082  tRNA-Gly  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000798848  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0067  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.294367 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0047  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0018  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0059  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000205536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0056  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.661302  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>