More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0057 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118359  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571258  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35500  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0067  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.38974  normal  0.157236 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0049  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000210611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0004  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0062  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0056  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.661302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0057  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0059  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000205536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0318  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000203347  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1872  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0196085  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0080  tRNA-Gly  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0026  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.768519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0057  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0011  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0331  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.222457  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000010318  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0028  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0013  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0055  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0011  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000624107  normal  0.164759 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0008  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal  0.0304222 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t007  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0154  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000693037  hitchhiker  0.000107525 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0014  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000252588  normal  0.0241581 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0014  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000837111  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0011  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511847  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0125  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000108683  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0150  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000645582  hitchhiker  0.00000000139269 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0015  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000368729  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0014  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323957  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0012  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000471876  hitchhiker  0.000087686 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  91.07 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt09  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000184169  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0031  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.271657  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0017  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.162954  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309190  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.179054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0067  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.294367 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309344  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.951593  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0009  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t005  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000675609  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0006  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000216667  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309292  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0308  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0013  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000562793  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0131  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000537425  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0015  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000956602  hitchhiker  0.000519908 
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0013  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000316853  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>