More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0003 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0004  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0056  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.661302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0062  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0057  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0067  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.38974  normal  0.157236 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0049  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000210611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0059  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000205536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118359  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571258  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0026  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.768519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  91.18 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  91.18 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  94.55 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0025  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0957376  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000010318  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11940  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0011  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000624107  normal  0.164759 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  89.71 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0017  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.162954  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309344  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309190  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.179054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  92.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0013  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0009  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 71 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0043  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 71 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0944227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0052  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000802106  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0039  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2154  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.480765  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2514  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0272965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2521  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000668115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2524  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000475976  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2532  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101375  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2620  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0852955  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2627  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2629  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1865  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2218  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2225  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000670564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2228  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000002233  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2306  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000790544  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2313  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2315  tRNA-Gly  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0086  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.795168  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0064  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0033  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.170039 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309292  tRNA-Gly  95.56 
 
 		 71 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0042  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0045  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0957385  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35500  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0039  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>