214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_R0008 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_R0015  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000368729  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0154  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000693037  hitchhiker  0.000107525 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0011  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511847  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0150  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000645582  hitchhiker  0.00000000139269 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0008  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal  0.0304222 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0006  tRNA-Gly  97.01 
 
 		 74 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000216667  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0015  tRNA-Gly  97.01 
 
 		 74 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000956602  hitchhiker  0.000519908 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0131  tRNA-Gly  97.01 
 
 		 74 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000537425  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0013  tRNA-Gly  97.01 
 
 		 74 bp  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000562793  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t005  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000675609  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t007  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000252588  normal  0.0241581 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000837111  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323957  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0012  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000471876  hitchhiker  0.000087686 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0125  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000108683  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0012  tRNA-Gly  96.49 
 
 		 75 bp  89.7  8e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R23  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  89.71 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  89.71 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0014  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000379014  normal  0.408699 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0015  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.685184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0009  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35500  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309292  tRNA-Gly  97.37 
 
 		 71 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00076  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000423625  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0092  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000154336  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00235  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02828  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1180  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000995593  hitchhiker  0.000000000000787361 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5102  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000061566  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4476  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000038079  hitchhiker  0.00000000000000785716 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna050  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000672543  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0698  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00121364  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly01  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06802  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0107  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000460652  hitchhiker  0.00217641 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4719  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.20782e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5443  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000114766  hitchhiker  0.00132893 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4426  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  hitchhiker  0.0000476038 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4473  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000778472  hitchhiker  0.000364054 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4386  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000113588  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4354  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000304012  normal  0.98071 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0013  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000316853  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna007  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3206t  tRNA-OTHER  91.23 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0593259  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4550  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000345033  hitchhiker  0.00000000000121992 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1112t  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4695  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.29308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0005  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000491266  normal  0.390681 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0490  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.826084  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2721  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06159  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0039  tRNA-Gly  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0031  tRNA-Gly  93.18 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.271657  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0045  tRNA-Gly  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0957385  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0025  tRNA-Gly  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.351803  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0026  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.768519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0017  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.162954  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2053  tRNA-OTHER  90.74 
 
 		 68 bp  60  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000041496  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309190  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.179054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309344  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0080  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t22  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.656712  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0043  tRNA-Gly  91.11 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0944227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38700  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0013  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218787  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>