More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0017 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t22  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  141  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.656712  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0007  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0009  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0562  hypothetical protein  98.33 
 
 		 141 bp  111  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000293219  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0020  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156043  normal  0.538933 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2154  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.480765  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2514  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0272965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2521  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000668115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2524  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000475976  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2532  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101375  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2620  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0852955  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2627  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2629  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1865  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2218  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2225  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000670564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2228  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000002233  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2306  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000790544  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2313  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2315  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0044  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000110049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0063  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0106  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000281433  hitchhiker  0.00000200758 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0406  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00766095  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2236  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000133551  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3826  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.216257  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05586  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000136136  normal  0.200305 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00107854  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1904  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000012603  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0013  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000407891  normal  0.589115 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0011  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  2.9187400000000002e-24  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0057  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00632698  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0006  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.328073  hitchhiker  0.00695117 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3796  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000000939303  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0049  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.323662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0071  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000687699  normal  0.228297 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0019  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3086  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000101818  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3764  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000188016  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0013  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000179187  normal  0.143307 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3188  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000469441  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0078  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0058  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0010  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0116313 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0060  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000611366  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3459  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000712395  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0058  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136383  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0036  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.311248 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0013  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000164045  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0052  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.789064 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0012  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000183499  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0021  tRNA-Gly  90.16 
 
 		 71 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0125  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000108683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>