299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_R0038 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3764  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000188016  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05586  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000136136  normal  0.200305 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0013  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000407891  normal  0.589115 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00107854  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0011  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  2.9187400000000002e-24  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0057  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00632698  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0006  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.328073  hitchhiker  0.00695117 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3796  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000000939303  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3188  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000469441  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0019  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3086  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000101818  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0052  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.789064 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0078  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0058  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0060  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000611366  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3459  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000712395  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0058  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136383  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0071  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000687699  normal  0.228297 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0049  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.323662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0010  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0116313 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0013  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000164045  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0012  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000183499  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0013  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000179187  normal  0.143307 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1904  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000012603  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3826  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.216257  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0021  tRNA-Gly  94.37 
 
 		 71 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0085  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0843991  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0089  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.548412  normal  0.42362 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0007  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0009  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t22  tRNA-Gly  96.72 
 
 		 71 bp  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.656712  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0018  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0047  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0041  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0023  tRNA-Gly  91.43 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0035  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.812042  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0009  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.365276  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>