299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4556 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0035  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.812042  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0023  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0052  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.789064 
 
 
-
 
NC_003295  RS05586  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000136136  normal  0.200305 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3764  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000188016  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00107854  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0013  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000179187  normal  0.143307 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0010  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0116313 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0011  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  2.9187400000000002e-24  normal  0.0779261 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0057  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00632698  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0006  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.328073  hitchhiker  0.00695117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3796  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000000939303  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0024  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0019  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3826  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.216257  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3086  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000101818  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0078  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0058  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0060  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000611366  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0049  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.323662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0058  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136383  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0013  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000407891  normal  0.589115 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0013  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000164045  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3459  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000712395  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3188  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000469441  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0012  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000183499  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0071  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000687699  normal  0.228297 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1904  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000012603  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0021  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0089  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.548412  normal  0.42362 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0009  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4211  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3852  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0085  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0843991  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0007  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0011  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t22  tRNA-Gly  93.44 
 
 		 71 bp  89.7  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.656712  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>