299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_R0004 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0002    100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0023  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333471 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0023  tRNA-Gly  98.53 
 
 		 74 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0035  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.812042  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0024  tRNA-Gly  97.06 
 
 		 74 bp  119  9e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00054  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.627251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0016  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4697  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00274412  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0066  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2997  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.252272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0018  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.268435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0078  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3531  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3271  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3267  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3192  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3205  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.582072 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3372  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.564657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4154  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0729117 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0073  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.423139  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5067  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4211  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3852  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0011  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0048  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0048  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0073  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna36  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0047  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0028  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0001  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.508752  normal  0.0130418 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14004  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0004  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.786418  normal  0.400526 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0079  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.926442  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0004  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0058  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00122195  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0004  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.699145  normal  0.0309415 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0007  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00254544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19030  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0034  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0002  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>