More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0030 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0035  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.812042  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0023  tRNA-Gly  95.71 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0024  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0023  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333471 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4211  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0053  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3852  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0011  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0023  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000259024  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0039  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000372449  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00054  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.627251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0016  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0078  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3267  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3372  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.564657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0066  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3531  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0073  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.423139  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5067  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4697  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00274412  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2997  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.252272 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3205  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.582072 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0032  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.274432  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3271  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3192  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4154  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0729117 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0018  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.268435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.951593  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0040  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.983411  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2370  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00487087  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0110  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0003  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0003  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.760714  normal  0.382558 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0079  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.926442  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0048  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0059  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna36  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0073  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0048  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0061  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0025  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.896099  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>