280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_R0053 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_R0053  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3852  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0011  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4211  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2370  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00487087  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0040  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.983411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0308  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0067  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.294367 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00054  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.627251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0016  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0073  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.423139  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0018  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.268435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3192  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0066  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4154  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0729117 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3267  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3531  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5067  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4697  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00274412  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3271  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3372  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.564657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3205  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.582072 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2997  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.252272 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0078  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.951593  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0023  tRNA-Gly  88.57 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0025  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.896099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0035  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.812042  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0079  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.926442  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0053  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0034  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna36  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0024  tRNA-Gly  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0013  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0057  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0032  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.274432  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0073  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0057  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0023  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333471 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0039  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000372449  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0023  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000259024  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0048  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>