More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0039 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0023  tRNA-Gly  100 
 
 
71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000259024  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0039  tRNA-Gly  100 
 
 
71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000372449  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  95.77 
 
 
74 bp  117  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  95.77 
 
 
74 bp  117  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  95.77 
 
 
74 bp  117  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  92.96 
 
 
74 bp  101  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  91.55 
 
 
74 bp  93.7  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  91.55 
 
 
74 bp  93.7  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  91.55 
 
 
74 bp  93.7  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  91.55 
 
 
74 bp  93.7  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  91.55 
 
 
74 bp  93.7  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2154  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.480765  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2514  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0272965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2521  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000668115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2524  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000475976  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2532  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101375  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2620  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0852955  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2627  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2629  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1865  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2218  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2225  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000670564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2228  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000002233  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2306  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000790544  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2313  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2315  tRNA-Gly  93.44 
 
 
74 bp  89.7  8e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  93.06 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  93.06 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  93.06 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0308  tRNA-Gly  90.14 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0264  tRNA-Gly  90.14 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000581931  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  90.14 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  90.14 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0041  tRNA-Gly  90.14 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  91.67 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  91.67 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  91.67 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  91.67 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  91.67 
 
 
71 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  91.67 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0062  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0049  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000210611  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0034  tRNA-Gly  88.73 
 
 
71 bp  77.8  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0059  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000205536  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0004  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0057  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0048  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0056  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.661302  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0067  tRNA-Gly  88.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.38974  normal  0.157236 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2236  tRNA-Gly  91.94 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000133551  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  90.28 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  90.28 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  90.28 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1872  tRNA-Gly  90.28 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0196085  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0318  tRNA-Gly  90.28 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000203347  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  90.28 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3852  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0347948 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0072  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0211705  normal  0.918041 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  87.32 
 
 
71 bp  69.9  0.00000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0011  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0018  tRNA-Gly  87.32 
 
 
71 bp  69.9  0.00000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00399522  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4211  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  88.71 
 
 
71 bp  67.9  0.0000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0701067  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  88.89 
 
 
74 bp  63.9  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.951593  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  88.89 
 
 
74 bp  63.9  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  88.89 
 
 
74 bp  63.9  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  88.89 
 
 
74 bp  63.9  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  88.89 
 
 
74 bp  63.9  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  88.89 
 
 
74 bp  63.9  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  88.89 
 
 
74 bp  63.9  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  89.71 
 
 
74 bp  63.9  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0042  tRNA-Gly  95 
 
 
74 bp  63.9  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0034  tRNA-Gly  85.92 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.530843  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  85.92 
 
 
71 bp  61.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>