295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0002 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0002  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0013  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0011  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0065  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0055  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38700  tRNA-Gly  92.65 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0004  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.382329 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0067  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.294367 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0001  tRNA-Gly  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.508752  normal  0.0130418 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0047  tRNA-Gly  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0058  tRNA-Gly  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00122195  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14004  tRNA-Gly  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0004  tRNA-Gly  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.786418  normal  0.400526 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0004  tRNA-Gly  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0004  tRNA-Gly  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.699145  normal  0.0309415 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0007  tRNA-Gly  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00254544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  89.71 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0080  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35500  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0070  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0869039  normal  0.608865 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0059  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.000543343  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0017  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000450697  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0025  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.458906 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2577  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2036  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0061  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.944304  normal  0.76215 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.555629  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0025  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.633427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3118  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3090  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20543  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3055  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379519  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1514  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0267785  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0008  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0353733  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0025  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0024  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0781725  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0744  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R23  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0030  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0033  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.544366 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0042  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19030  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0031  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0032  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0057  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0034  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.530843  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0044  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0046  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0044  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0031  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.754836  normal  0.341264 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0006  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 66 bp  60  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.926314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.072829  normal  0.169297 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0039  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0035  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.812042  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t007  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0014  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000252588  normal  0.0241581 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0014  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000837111  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0125  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000108683  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0014  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323957  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0012  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000471876  hitchhiker  0.000087686 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>