180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_R0044 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_R0044  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0032  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0042  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0044  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0046  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0039  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0003  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.760714  normal  0.382558 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0047  tRNA-Gly  100 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.231132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0003  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0008  tRNA-Gly  98.04 
 
 		 72 bp  93.7  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.612025 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0007  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.864337  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309207  tRNA-Gly  94.74 
 
 		 72 bp  89.7  8e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0001  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0149399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309383  tRNA-Gly  97.92 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120568 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0021  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0029  tRNA-Gly  94 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0035  tRNA-Gly  94 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309271  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0046  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000316882 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0001  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 72 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0032  tRNA-Gly  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.274432  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0055  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0045  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0002  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0067  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 71 bp  60  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.294367 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0057  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0022  tRNA-Gly  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0368562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0079  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.926442  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00054  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.627251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0016  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0080  tRNA-Gly  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3271  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0110  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3531  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0066  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0048  tRNA-Gly  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3372  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.564657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3192  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0092  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000423712  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0073  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.423139  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0078  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3205  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.582072 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3267  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4154  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0729117 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0023  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333471 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4697  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00274412  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5067  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35500  tRNA-Gly  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0018  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.268435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2997  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.252272 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0054  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0024  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0034  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0024  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0023  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3118  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0040  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1514  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0267785  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0013  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0036  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0047  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0323697  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0004  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.699145  normal  0.0309415 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0007  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00254544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0744  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2577  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>