212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0065 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0065  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  143  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.382329 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0002  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0013  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0011  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0055  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0059  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0061  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00054  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.627251  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0016  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3372  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.564657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4154  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0729117 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3271  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3267  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19030  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5067  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4697  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00274412  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2997  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.252272 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3531  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0034  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.530843  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3192  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3205  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.582072 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0023  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.333471 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0031  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.754836  normal  0.341264 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.072829  normal  0.169297 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0018  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.268435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0066  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0031  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0030  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0078  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0073  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.423139  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0042  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0043  tRNA-Gly  85.51 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000310239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28400  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0941347 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0045  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.223661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38700  tRNA-Gly  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0047  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0122655  normal  0.0125348 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09060  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0250104 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0080  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    86.67 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0070  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0869039  normal  0.608865 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0033  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.170039 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0067  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.294367 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0018  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00399522  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0048  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0027  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0048  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11940  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA7  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151828 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0957376  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14027  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0062  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0058  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00122195  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0049  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000210611  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0004  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0004  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0004  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.699145  normal  0.0309415 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0007  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00254544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0003  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0059  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000205536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0004  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.786418  normal  0.400526 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0001  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.508752  normal  0.0130418 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14004  tRNA-Gly  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>