More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_R0004 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_AR0067  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.38974  normal  0.157236 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0057  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0059  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000205536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0049  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000210611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0056  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.661302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0062  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0026  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.768519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0053  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000571258  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0053  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118359  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna5  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.627053  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0014  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000379014  normal  0.408699 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0015  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.685184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0039  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000372449  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14027  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0023  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000259024  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0050  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0034  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.530843  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0043  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0035  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.072829  normal  0.169297 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0031  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0031  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.754836  normal  0.341264 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0030  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0018  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00399522  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0034  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0032  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.598279  normal  0.0388525 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11940  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000010318  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0045  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0153561 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0025  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0957376  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0308  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0011  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000624107  normal  0.164759 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0030  tRNA-Gly  88.52 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000875234  hitchhiker  0.000341426 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0009  tRNA-Gly  93.18 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0043  tRNA-Gly  93.18 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0944227  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGlyVIMSS1309292  tRNA-Gly  93.18 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0017  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.162954  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0031  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.271657  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309190  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.179054  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0005  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0033  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.170039 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0013  tRNA-Gly  97.14 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000316853  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0006  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309344  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00107854  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3796  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000000939303  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0058  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0060  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000611366  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>