160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_R0059 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_R0059  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.000543343  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0004  tRNA-Gly  97.18 
 
 		 74 bp  125  1e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0263126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0004  tRNA-Gly  97.18 
 
 		 74 bp  125  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.50659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0011  tRNA-Gly  95.77 
 
 		 74 bp  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0057  tRNA-Gly  95.77 
 
 		 74 bp  117  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0013  tRNA-Gly  94.37 
 
 		 74 bp  109  8.000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25240  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0067  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 71 bp  101  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.294367 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0004  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.017851 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0055  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38700  tRNA-Gly  91.55 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0080  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.12182 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0096  tRNA-Gly  90.28 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000621353  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35500  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0070  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0869039  normal  0.608865 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0058  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00122195  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0047  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.699145  normal  0.0309415 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0007  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00254544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.786418  normal  0.400526 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0001  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.508752  normal  0.0130418 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14004  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0002  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0042  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0035  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.812042  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0040  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.983411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2370  tRNA-Gly  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00487087  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  95 
 
 		 71 bp  63.9  0.000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.951593  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0028  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0043  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.11456  normal  0.782815 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0007  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.864337  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309207  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309383  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120568 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0003  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0079  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.926442  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0005  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000107449  hitchhiker  0.00000669742 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0309  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0057  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0032  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0046  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0017  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000450697  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0110  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0008  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.612025 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0044  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0039  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0042  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0044  tRNA-Gly  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.881169  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2154  tRNA-Gly  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.480765  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0037  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0084  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>