263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_R23 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_R23  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0007  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.289353  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4794  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60400  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.589657  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54840  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000068368  unclonable  1.75195e-22 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0015  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000368729  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0150  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000645582  hitchhiker  0.00000000139269 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0008  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal  0.0304222 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0154  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000693037  hitchhiker  0.000107525 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0011  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511847  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4556  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0003  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.564977  normal  0.743111 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0003  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3090  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20543  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2036  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3055  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379519  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0025  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.458906 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.555629  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0025  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.633427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3118  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1514  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0267785  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0008  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0353733  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0025  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0024  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0781725  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0744  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0061  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.944304  normal  0.76215 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2577  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t007  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0125  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000108683  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0048  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0131  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000537425  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0006  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000216667  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0062  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0014  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000252588  normal  0.0241581 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0014  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000837111  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0014  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323957  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0012  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000471876  hitchhiker  0.000087686 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0028  tRNA-Gly  95.65 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0013  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000562793  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t005  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000675609  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0015  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000956602  hitchhiker  0.000519908 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  97.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0023  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0033  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.544366 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0013  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0035  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.812042  normal  0.343929 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0002  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0010  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0056  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0085  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0843991  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2975  hypothetical protein  93.33 
 
 		 252 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0089  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.548412  normal  0.42362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0062  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0121694  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0067  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.294367 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0077  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0031  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0003  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0020  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00132609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0033  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0040  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0055  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.273578  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>