274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_2228 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_2154  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.480765  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2514  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0272965  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2521  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000668115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2524  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000475976  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2532  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000101375  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2620  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0852955  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2627  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2629  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1865  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2218  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2225  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000670564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2228  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000002233  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2306  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000790544  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2313  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2315  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2236  tRNA-Gly  98.67 
 
 
75 bp  133  6e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000133551  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0007  tRNA-Gly  94.59 
 
 
74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0009  tRNA-Gly  94.59 
 
 
74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0023  tRNA-Gly  93.44 
 
 
71 bp  89.7  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000259024  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0039  tRNA-Gly  93.44 
 
 
71 bp  89.7  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000372449  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0063  tRNA-Gly  97.92 
 
 
78 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220412  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t22  tRNA-Gly  90.14 
 
 
71 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.656712  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  100 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0036  tRNA-Gly  88.73 
 
 
71 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.828148  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0002  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0003  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12430  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0059  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0054  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.809782  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0042  tRNA-Gly  97.62 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0264  tRNA-Gly  97.62 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000581931  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  90.32 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0030  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000137956  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  90.32 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0036  tRNA-Gly  91.23 
 
 
71 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0180  tRNA-Gly  91.23 
 
 
71 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0303819  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0562  hypothetical protein  90 
 
 
141 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000293219  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0023  tRNA-Gly  89.83 
 
 
71 bp  69.9  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.021733  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0567  tRNA-Gly  89.83 
 
 
71 bp  69.9  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0013  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218787  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0090  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0007  tRNA-Gly  89.66 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0029  tRNA-Gly  95.24 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000023442  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0017  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.77032  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0075  tRNA-Gly  95.24 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.300561  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0051  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.637651  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0053  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000779558  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0041  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0062  tRNA-Gly  95.24 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000596481  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0128  tRNA-Gly  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.521408 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  95.12 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00109047  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt05  tRNA-Gly  95.12 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt05  tRNA-Gly  95.12 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  95.12 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0036  tRNA-Gly  95.12 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.048485  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0001  tRNA-Gly  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.508752  normal  0.0130418 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R32  tRNA-Gly  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0058  tRNA-Gly  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00122195  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0004  tRNA-Gly  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0047  tRNA-Gly  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0004  tRNA-Gly  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.786418  normal  0.400526 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1215  tRNA-Gly  89.47 
 
 
71 bp  65.9  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0004  tRNA-Gly  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.699145  normal  0.0309415 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0016  tRNA-Gly  86.3 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.511994  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14004  tRNA-Gly  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0007  tRNA-Gly  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00254544  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>