109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Gly-2 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0027  tRNA-Gly  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4287  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.14711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0013  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2801  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000458752  normal  0.102156 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0007  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000313428  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0007  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000568475  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1121t  tRNA-OTHER  89.29 
 
 		 69 bp  63.9  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0082  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000798848  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0089  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0007  tRNA-Gly  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000140906  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0025  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000880116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0011  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511847  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0008  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140314  normal  0.0304222 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0150  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000645582  hitchhiker  0.00000000139269 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0015  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000368729  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0023  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000259024  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0039  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000372449  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0154  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000693037  hitchhiker  0.000107525 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00076  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000423625  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0092  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000154336  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.555629  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0005  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna007  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3118  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0033  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.544366 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1514  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0267785  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0406  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 71 bp  54  0.000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00766095  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0008  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0353733  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0076  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000390983  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly01  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0025  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0024  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0781725  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0012  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0013  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000316853  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna050  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000672543  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0744  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2577  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3055  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379519  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3090  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20543  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2036  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0005  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000491266  normal  0.390681 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0490  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.826084  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2721  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00235  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02828  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06159  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06802  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4719  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.20782e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5102  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000061566  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0061  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.944304  normal  0.76215 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0107  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000460652  hitchhiker  0.00217641 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1180  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000995593  hitchhiker  0.000000000000787361 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4426  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  hitchhiker  0.0000476038 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0025  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.458906 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0025  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.633427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0698  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00121364  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4695  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.29308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4476  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000038079  hitchhiker  0.00000000000000785716 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4473  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000778472  hitchhiker  0.000364054 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4354  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000304012  normal  0.98071 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4386  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000113588  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4550  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000345033  hitchhiker  0.00000000000121992 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3206t  tRNA-OTHER  94.29 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0593259  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1112t  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 72 bp  54  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5443  tRNA-Gly  94.29 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000114766  hitchhiker  0.00132893 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0264  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000581931  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0106  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000281433  hitchhiker  0.00000200758 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0032  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2539  hypothetical protein  89.13 
 
 		 855 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0062  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000596481  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0075  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.300561  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1872  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0196085  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0318  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000203347  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0049  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.401783  normal  0.991667 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0088  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0052  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000802106  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0081  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0459508  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0086  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.795168  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0064  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0030  tRNA-Gly  92.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.218808 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0049  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111127  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0032  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.629344  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0022  tRNA-Gly  84.72 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.928948 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0044  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000265162  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0059  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000597216  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0074  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0046  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0005  tRNA-Gly  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000162881  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0041  tRNA-Gly  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0043  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000310239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2053  tRNA-OTHER  91.43 
 
 		 68 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000041496  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0048  tRNA-Gly  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>