247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_R0046 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_R0046  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0005  tRNA-Gly  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.555629  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0025  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.633427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0027  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3118  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1514  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0267785  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0008  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0353733  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0025  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0024  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0781725  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0061  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.944304  normal  0.76215 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0025  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.458906 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0744  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2577  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3055  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.379519  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3090  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.20543  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2036  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0033  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 72 bp  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.544366 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0046  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.837906  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01509  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.555954  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0004  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.159928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0003  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.856118  normal  0.0346282 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0065  tRNA-Gly  92 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.254895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4794  tRNA-Gly  92 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60400  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 71 bp  87.7  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.589657  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0034  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54840  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 71 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000068368  unclonable  1.75195e-22 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0007  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.289353  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0048  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0025  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.896099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0048  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna36  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0073  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0048  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0022  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.928948 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0019  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0035  tRNA-Gly  95.45 
 
 		 71 bp  71.9  0.00000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.987391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0013  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0204352 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0007  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000568475  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0082  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000798848  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0007  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000313428  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4287  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.14711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2801  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000458752  normal  0.102156 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0089  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0007  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000140906  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0043  tRNA-Gly  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000310239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0003  tRNA-Gly  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0110  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0045  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0153561 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0040  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.983411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2370  tRNA-Gly  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00487087  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0001  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0028  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0030  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0538391 
 
 
-
 
NC_006368  lppt10  tRNA-Gly  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt10  tRNA-Gly  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0047  tRNA-Gly  88.89 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0712704 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.829882 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000145093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0026  tRNA-Gly  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.594992  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0020  tRNA-Gly  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0056  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126363  hitchhiker  0.0000037028 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1121t  tRNA-OTHER  87.5 
 
 		 69 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1135  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0276183  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1005  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000280162  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0092  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000423712  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00076  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000423625  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0016  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1180  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000995593  hitchhiker  0.000000000000787361 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0698  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00121364  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0002    89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462188  normal  0.531526 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R23  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4305  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4719  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.20782e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0014  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0069  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.448955  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5102  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000061566  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0073  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.655574 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4697  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00274412  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0022  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0004  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0007  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0024  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.663952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0049  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.83946 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2721  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3531  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly01  tRNA-Gly  84 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0009  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0003  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0058  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0032  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.274432  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0022  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0012  tRNA-Gly  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.286348 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0005  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000491266  normal  0.390681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>